李念祖表示，《大學法》第9條規定，「新任公立大學校長之產生，由學校組成校長遴選委員會，經公開徵求程序遴選出校長後，由教育部或各該所屬地方政府聘任之」，上述條文可以看得出教育部對於大學遴選委員會的選舉結果，可以指派、選擇，甚至予以否決嗎？
李念祖表示，指派、選擇與否決，分別代表不同程度控制，他讀該條條文，基本上讀不出（教育部）「否決權」，但教育部從今年一月台大校長選舉結果出爐後，卻是一直以否決的概念在運作，「不同意就是否決的另一種作為表現」
李念祖表示，私立大學是學校法人，但國立大學不是，因此，國立大學只能說「大學自治」，但如果國立大學連大學人事業務財務的自主都做不到，台灣有可能大學自治嗎？支持教育部對台大校長遴選結果行使否決權，基本上就是基於傳統國家公權力是可以管大學，大學是教育部所屬單位，是高教業務執行的「手足」，如果是這樣，台灣的大學自主，就是回到大法官會議第380與450號解釋之前的公法關係。
李念祖:利益迴避的重要在於有無利害關係，而不是誰認識誰！
另外，針對部分人士質疑，管中閔曾任台灣大獨立董事，但台大校長遴選委員會的遴選委員中有富邦金董事長蔡明興，因此有所謂利益迴避問題，李念祖表示，外界在爭論「利益迴避」問題，目前仍有講不清楚之處，首先，今天爭論的重點，不是誰跟誰過去有什麼樣的關係，而是有無利害關係？
李念祖強調，今天台大校長候選人，如果跟誰都不認識，根本不大可能被選出來。管中閔過去曾經擔任台灣大獨立董事，當選後辭去獨董職務，那麼校長候選人過去曾任獨立董事，對於原屬單位是有利還是有害？台大校長有所謂旋轉門條款，管中閔到目前為止仍是中研院院士，如果有人主張，管的院士身份，在讓中研院在管當選後「得到好處」，「那麼是否代表台大校長遴選委員，都不能有中研院代表？」
李念祖說，談到利益迴避的問題，重點在於誰該不該做遴選委員，不是管中閔該不該做，「到底是誰該迴避，道理該講清楚。」
