由台大公衛所流行病學教授金傳春等台大教授所組成「台灣大學自主聯盟」今天召開記者會，目前擔任台大兼任教授的理律法律事務所李念祖，今天從憲法與行政法角度，分析台大校長遴選風波背後牽涉的「大學自主」問題，李念祖表示，台灣大學自治，制度上存在重大盲點，他以《政黨及其附隨組織取得不當財產條例》為例，強調，附隨組織的定義是「獨立的機構」，但在人事、財務、業務上受到政黨所控制，今天若國立大學依據《大學法》組成校長遴選委員會選出校長後，教育部方面可以逕行決定不指派，那麼台灣的大學自治就退回到大法官第380與450號解釋前的狀態。
李念祖表示，「大學自主」是憲法上概念，但法律人都用「大學自治」，因為這二者之間的法律概念是有差異的，講起來很可笑，台灣大學自治在制度上存在重大盲點，大學自治就法律層面，必須回到「大學從組織與法治上，到底是什麼單位與機構？」「它與教育部是什麼關係？」、「國立大學與私立大學有何不同？」等問題。過去台灣沒有在制度上，仔細想過、好好處理這個問題，成為今天所有問題癥結所在。
教育部可以決定大學校長人選 形同將國立大學視為政府單位
李念祖表示，今天國人如果把國立大學，看成是政府單位，或是與政府機關劃上等號，那麼，教育部就是大學上級機關，法律上教育部對於大學遴選委員會所推選之大學校長人選，可以逕行決定，這樣的思維邏輯就可以理解，私立大學即便在法律上具備法人地位，但也被理解為高等教育的一部份，「受政府委託行使公權力，形同是教育功能的手足，換言之，等於把高等教育，視為政府專屬權利，必須經過政府授權，私人才可以進去。」
「如果把國小、國中這樣看，或許還有道理，但是大學可以這樣說嗎？」李念祖說，即便我國傳統文化認為，政府是人民的領導人，「做之君，做之師」政府專屬職權。
李念祖援引大法官會議第380與450號解釋，強調「大學自治」的概念，係源自於大法官會議這二次解釋，分別是針對大學共同必修科目，違反大學自主，與大學設立軍訓室，組織上違反大學自治進行解釋。
李念祖表示，最近政府針對戒嚴時期不當黨產，訂定《黨產條例》，該法第4條針對政黨附隨組織進行定義，強調附隨組織係獨立存在之機構，但在人事、財務、業務與經營上受到政黨控制，如果以這樣的定義，他反問，「請問國立大學是否是政府附隨組織？」
「大學法讀不出教育部可以有否決權」
李念祖強調，如果國立大學在組織、財務、人士與業務上不是自主的，台灣的大學自治，基本上不會產生大學自主的，尤其是，大學校長的產生，對於大學的人事權與業務經營權，不管是談自治或是自主都是核心問題。
