同學們的功課簿寫滿之後，先生令存之書藏，供新來的同學閱覽，謂等於聽他的講義云。這裡頭，不少「非常異義可怪之論」。後來戊戌查抄萬木草堂時，都付諸一炬了。
功課簿之外設一本厚簿，名曰「蓄德錄」。每日順著宿舍房間，以次傳遞，周而復始。各人每日錄入幾句古人格言、名句或俊語，隨各人意志之所好，寫什麼都可以。譬如寫「學而時習之，不亦說乎」等等均可。這些格言、名句除寫在「蓄德錄」外，同時用一張小紙寫出，貼在大堂板壁上。它的作用，是用以提起各人的警惕，引起各人的興趣。每隔三五個月，先生也拿去翻閱一次，藉以驗其個人思想所趨向，不無補助。
在萬木草堂我們除自己用功讀書之外，還有一種特殊工作即編書，這是協助先生著述的工作。譬如康先生要寫一部《孔子改制考》，由他指定一、二十個同學，把上自秦漢、下至宋代各學者的著述，從頭檢閱。凡有關於孔子改制的言論，簡單錄出。注明見於某書之第幾卷、第幾篇，用省屬稿時翻檢之勞。時間由編書者共同商定，每月上旬某年某月某日，中旬某月某日，下旬某月某日，自幾點至幾點，會合在大堂工作。仍坐在無靠背之硬板凳。某人擔任某書，自由選擇。一部編完，又編第二部。這些稿件，統存於書藏，備先生隨時調用。戊戌查抄萬木草堂時亦付諸一炬了。當時，所編的書《新學偽經考》四本已出版；《孔子改制考》未編成而發生政變。
萬木草堂的圖書閱覽室叫書藏，是以康先生所藏書為基礎，同學們家藏的書，則自由捐獻。「捐入書藏」，是當日草堂同學一句口頭語。
萬木草堂裡面還有一個禮樂器庫是貯藏習禮時所用的儀器。如鐘、鼓、磬、鐸、干、戚、羽、旄以及投壺所用之竹箭等。習禮，每月一次，先生自製一套「文成舞」。鐘磬齊奏，干戚雜陳，禮容甚盛。習禮有尊孔的意義。
入萬木草堂學習的學生每人每年十兩銀子，名曰「脩金」，與其他書館一樣。但寒士則免費。如曹著偉是個窮秀才，先生不受他的脩金。徐君勉家頗富裕，且家無尊長，諸事由他主持，他每年就送三、四十兩銀脩金。
萬木草堂無考試制度。全在功課簿上窺察各人造詣之深淺，亦不分年級與班次。在舊生中舉出兩三名「學長」，以領導新生讀書。梁啟超就是一個「學長」。
草堂弟子在學習上都是非常用功的。例如康先生有名的學生陳千秋，就是一個非常努力讀書的人。他有條有理，非常愛護書籍。看書如果在房中走著看，總是用長袖子托在手上墊著書看。如果坐在桌旁看書時，就用右臂長袖把桌上塵土拂淨，才把書放在桌上。他看過的書老是很整齊清潔的。另一個學生曹著偉喜歡躺著看書，每天都拿很多書放在床邊，看後隨手放在床上，隨拿隨放，第二日又不把書歸還書架上。日久滿床都是書，晚上只好睡在書堆裡。
