保密局因為人才被政治部網羅，實力減弱，但保密局希望運用大陸的游擊部隊，建立第三勢力，打破蔣家對政府的控制，為了打倒蔣經國，毛人鳳與毛森秘密合作，努力爭取美國支持第三勢力，保密局希望透過美國的支持，重新獲得優勢，毛人鳳與毛森透過里龍上校擔任中間聯絡人。
這份中情局的報告說，宋美齡支持毛人鳳的游擊部隊行動，但是宋美齡不知道毛人鳳的行動與美國扶植第三勢力有關。
中情局的報告還提到，毛人鳳與蔣經國是死敵，毛人鳳只有抓到機會，就會對美國人詆毀蔣經國，毛人鳳曾經說過，如果蔣經國控制台灣超過三十年，台灣會變成蘇聯一般。另外，保密局也透過政治壓力，要削弱蔣緯國的裝甲部隊，保密局支持推動將裝甲部隊分散在陸軍當中，這樣裝甲部隊可以由陸軍控制，而不是蔣緯國控制，當時蔣緯國不太理會陸軍總部的重要命令。根據許多國府官員的說法，保密局故意促成蔣緯國與孫立人兩個陸軍派系的摩擦。
政治部與保密局因為作風很有爭議，但當時大部分人是敢怒不敢言，不過，陸軍總司令孫立人卻對保密局與政工人員頗多抱怨。中情局1951年10月27日的機密檔案提到，美軍顧問團團長蔡斯主張國防部要對政治部有更多控制，蔣緯國指揮的裝甲部隊，應該換一位更有經驗的人指揮。蔡斯認為政治部是秘密警察組織，是不民主的，但蔣經國不以為然，主張政治部對部隊士氣至關重要，是非常必要的。
在這場爭論當中，孫立人身為國府將領，不僅沒有站在蔣經國這邊，反而表態支持蔡斯的意見，並且催促蔡斯要向蔣中正提出這些問題。
蔣經國抱怨如果他有美國背景，而不是十四年的蘇聯背景，他對政治教育的作法，很可能會被讚許，而不是被批評為模仿蘇聯的灌輸方式。
國府遷台初期的保密局與政治部，後來多為人詬病，主要是為了穩定局勢，展開了許多共諜清查任務，對穩定軍中士氣，維持部隊純淨，產生一定作用，但這些過程當中，這些形同秘密警察的組織彼此為了搶功，經常在缺乏具體證據下，濫捕刑求，造成許多冤錯假案，日後引發許多民怨，不過，保密局破獲的國防部共諜吳石案，卻是貨真價實的共諜。
保密局因破獲台灣省工作委員會案、基隆市工作委員會案，才牽連出吳石案，根據當時中情局的機密檔案，1950年3月30日中情局的機密檔案顯示，中情局認為吳石案與台共謝雪紅有關，研判出身福建省的吳石，嘗試透過祖海軍當中福建背景的軍官，發動對國府的叛變。同時運用小船將武器、裝備、人員，從大陸偷偷運送到台灣東部海岸。
國共內戰後期，政府遷台前，海空軍部隊都比政府先撤退台灣，蔣中正擔心海空軍叛逃，以黃埔軍校出身的周至柔與桂永清，擔任空軍總司令與海軍總司令，藉以加強對這兩個軍種的控制，海軍早期因為內部有閩系之分，福建背景的海軍軍官不受蔣中正信任，蔣中正也非常懷疑海軍對他的忠誠，來台後，海軍設有反共先鋒營，受到懷疑的海軍官兵受到迫害，被送到這裡關押起來，進行思想改造，或許這是中情局認為福建人背景的吳石，因此找上海軍的福建籍軍官，發展共黨組織。
