國共內戰失敗，國民黨政府撤退來台，在風雨飄搖的1950年代，蔣經國雖身為蔣中正總統的長子，他後來所握有的政治影響力，並不是繼承而來，都是靠著在國府內部明爭暗鬥而來。蔣中正在台復行視事時，任命陳誠擔任行政院長，陳誠安排蔣經國擔任部長，蔣中正不願意蔣經國一下子就登上政府檯面，只同意蔣經國到台灣省黨部工作，或者去國防部總政治部擔任副主任，可見得蔣中正也不放心兒子當官，對蔣經國的政治發展略有保留。
國府遷台早年的內部權力鬥爭，外界也許不清楚，但是美國在台單位無孔不入，加上國府官員與國民黨政治人物喜歡與美方人士交往，藉美國勢力抬高自己政治行情，對美方人員多知無不言，多年後，在美國政府的公開檔案當中，可以看到早年國府內部政爭的許多情報檔案。在這些檔案當中，可以看到蔣經國起初沒有蔣中正所擁有的那種無所不在的政治權威，是經過無數次爭鬥，才在國民黨內部的權力結構當中脫穎而出。
蔣經國是面臨來自四面八方的政治鬥爭，蔣經國沒有因為他是太子身分，就能理所當然在政治上呼風喚雨。蔣經國先後與保密局長毛人鳳、海軍總司令桂永清、陸軍總司令孫立人，台灣省主席吳國楨交手，直到1960年代陳誠在副總統任內病逝，蔣經國接班的情況才明朗化。
吳國楨流亡美國後，公開批評的對象，都是針對蔣經國幕後主導特務為主，鮮少批評蔣中正，但是吳國楨在台時候，當時的行政院長陳誠也對吳國楨感到不滿。孫立人在台其實爭議不小，孫立人與其他國民黨部隊將領相處關係甚差，加上他與美方過從甚密，美方曾有透過孫立人發動政變推翻國民黨政府，將台灣交給聯合國或美國託管的想法，這些事情傳到蔣中正與蔣經國耳裡，加上其他將領不滿孫立人在台灣的控制，使得孫立人先從陸軍總司令下台，轉任總統府參軍長，取消孫的兵權，接著在政戰系統舉發涉及共諜案後，鮮少有人幫孫立人出頭說話，若非蔣中正忌憚美國介入，孫立人待遇可能更差。
郝柏村的總長日記，曾經提到孫立人軟禁期間仍支二級上將待遇，安全有政府派人負責，顯示孫立人比較一般人其實有更好的待遇。美國中情局1955年9月29日的機密檔案顯示，因為國府關切美國對孫案的態度，使得孫立人可以逃過嚴厲的處罰，但是要面對不榮譽的強迫退休。台北當局擔心美國不良的反應，所以孫立人不會被槍斃，只會受到嚴密的監視。軍方政戰系統拿下孫立人，這也讓蔣經國在軍中擴大了相當的影響力。
中情局的解密檔案當中，有一份1951年7月25日的檔案指出，蔣中正在1951年7月15日解除了13位海軍軍官職務，因為他們正在組成小組織，蔣經國親自向海軍總司令桂永清通知這件事情，這些涉案海軍軍官包括桂永清的姪子與姻親。美國駐台海軍武官說，桂永清與蔣經國長期不和，這次事件只是思想控制的最惡劣示範。中情局對這件事情的分析認為，蔣中正對軍隊向共黨投誠與擔心第三勢力壯大，讓蔣經國擴大了許多權力。
