另一份1951年7月25日的中情局密件提到，蔣中正在7月15日解除了13位海軍軍官的職務，因為他們被指控組織派系。這件事情還是由蔣經國及時通知桂永清，希望桂永清自己宣布解除這些人的職務，以保留桂永清自己的顏面。這些遭到處分的軍官包括桂永清的姪子與姻親，但最後因為蔣經國的政戰官沒有辦法證明對這些人的指控，這些軍官沒有被起訴。中情局分析，蔣中正害怕部隊向中共投誠，或者倒向第三勢力，造成了蔣經國的政戰官權力擴大，這起事件也是第一起報告讓人感覺蔣經國擁有毫無前例的，與統帥一樣大的權力。
在台的美軍顧問團有一份1951年11月9日的有關國府海軍的機密報告，這份報告由美軍顧問團海軍組組長貝額力（Beyerly）撰寫，他在11月2日與桂永清會面，他說，政戰這類爭議的問題，在華府引起了很不好的看法。桂永清希望他向蔣中正傳達這些看法，因為沒有人願意對蔣中正說實話。貝額力後來在11月8日與蔣中正在高雄西子灣會面，貝額力向蔣中正建議海軍的艦艇單位或者陸岸單位的政戰人員，他們所執行的任務，應該由合格的海軍軍官取代。貝額力說，蔣中正似乎接受了這個看法，指示桂永清與蔣經國研究這件事情。桂永清對貝額力說，貝額力對蔣中正提到許多事情，是以前沒人敢跟蔣中正說的，連行政院長也沒辦法向貝額力這樣，對蔣中正提出看法。貝額力建議，美軍顧問團這時應該與蔣經國合作調整總政治部。
中情局在1951年10月27日有一份標題為「蔣中正與美軍顧問團團長蔡斯為了蔣中正兒子的地位引發衝突」的機密情報文件，這份文件討論到蔣經國與蔣緯國兩人，其中有關蔣經國的部分，蔡斯認為，國防部應該對總政治部有實際的控制。蔡斯反對政治部的理由，主要是認為這是一個密勤組織，而且是不民主的。但是蔣經國卻認為，政治部對部隊的士氣有非常大的效果，是不可或缺的。
孫立人也加入這場中美雙方對於軍中政戰制度的爭論，孫立人認同蔡斯的看法，國府將領站在美國那方，反對蔣經國，這又讓國府遷台後的政治情勢更加敏感。中情局密件提到，是孫立人敦促蔡斯去找蔣中正討論這件事情。
桂永清、孫立人都對軍中的政戰制度有意見，引起美方的重視，這份10月27日的中情局密件也提到蔣經國的不滿，蔣經國認為如果他的背景不是曾經居住在蘇聯14年，而是有美國的背景，他推動的政治教育可能會受到讚賞，而不是貶損為是共黨的模仿者。他在軍中推動的計畫是教育官兵為何而戰。
國府內部有許多對政戰制度的不滿，幾乎到了政爭的地步，甚至蔣中正身邊的宋美齡都向美方表示不滿意見。中情局1951年12月12日密件指出，宋美齡批評蔣經國的權力，蔣經國已經實質地控制了國府，宋美齡指控蔣經國發動對美國與美軍顧問團有敵意的宣傳，蔣經國為了自己的目的，希望控制美國援助，並且破壞她與大陸敵後游擊隊的聯繫，以便蔣經國可以控制這些行動。
