有關跨海大橋初期投資興建費用來源，因涉及工程龐大，專家不建議采取民間BOT（新建－移轉－營運）模式；建議可依「中央對直轄及縣（市）政府補助辦法」像中央政府爭取全額補助，等到興建完成之後，再轉由民間營運。
習近平「新四通」
2019年1月中國國家主席習近平在《告台灣同胞書》發表40周年紀念會上發表談話，提及對台的工作方針。習近平指出，要積極推進兩岸經濟合作制度化，打造兩岸共同市場，並提出「新四通」說法。
習近平表示兩岸之間要「應通盡通」，舉凡是經貿合作、基礎建設和能源資源，因此提出「可以率先實現金門、馬祖同福建沿海地區通水、通電、通氣、通橋。」
而早在2018年兩岸就已實現通水，從福建泉州晉江龍湖水庫江水引進金門田埔水庫。累計至今年1月，福建對金門供水超過1700萬噸。
這項通水工程台灣一共出資13.5億新台幣，其中中央政府負擔了85%，金門縣政府負擔15%。由金門縣政府自來水廠與中方福建省供水有限公司簽訂購水契約，約期長達30年。
國安疑慮
台灣媒體報導指出，有民進黨籍立委抨擊若大橋完工，共軍的坦克可以直接開到金門。另外，也有人以「吳三桂」引清兵入關來比喻柯文哲，認為這座跨海大橋潛藏了國安問題。
台灣陸委會澄清，過去推動小三通，是著眼於邊境人貨進出的管理，提供人民及企業便利，最優先考量的原則就是國家安全，包括國防安全及社經秩序安定等，借由法規及軟硬體等制度的建構，以確保邊境的秩序及安全。
陸委會強調，現在的兩岸情勢，尤其是中國的對台政策，跟過去推動小三通時大不相同，所以「金廈大橋」不是「小三通」的延伸，還有可能會對「國家安全」造成嚴重影響。
此外，陸委會就金門縣政府所做的可行性評估報告指出，跨海大橋落成，可能造成「金門向廈門傾斜的極化現象更加嚴重」，即金門的整體發展重心偏重於依賴廈門。
（綜合報導）
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