對香港、新疆議題噤聲
不過《支柱》2021年2月引述消息表示，中共高層稱《宗教教職人員管理辦法》並不「干預」《主教任命協議》的主教任命模式。此外，中國強力鎮壓香港2019年民主示威，隔年則實施《港區國安法》，加上迫害新疆維吾爾人等事件，教廷不是沒能力介入，就是自我噤聲。
蓋拉格2021年6月說，教廷對香港局勢有適當評論，是會得到國際媒體及世上多國的讚賞，「但我和許多同事，不認為這會（為香港）帶來任何改變」。《支柱》直言，若教廷真是這麼認為，代表《主教任命協議》執行4年來，教廷對中國毫無外交影響力，也不清楚從此協議得到什麼成果。
教廷官員向《支柱》透露，教廷國務院高層承認該協議「失敗」，「如果他們可結束，就不會再簽訂」，但方濟各個人相當支持，所以才繼續推動，而方濟各想法是要持續進行對話，「不願在當前局勢下轉身就走」。《支柱》認為，教廷若沒有無緣無故得到好處，意味其與中國會有進一步的外交交涉。
《支柱》提到，教廷國務院一直想重開駐中國大使館，「現在要達到此目標的道路也更加清楚」，只是主要障礙在於教廷和台灣有正式邦交。美國耶穌會（Jesuits）創辦的全國性天主教周刊《美利堅》（America）2020年9月就稱，教廷長期想在中國設立代表機構，方便與中國官方和當地教會聯繫。
香港教會面臨更大壓力
我國外交部發言人歐江安當時回應，外交部不評論不具名來源的消息內容或衍生的臆測，「我方對《主教任命協議》的立場沒有改變，希望該協議有助改善中國日益嚴重的宗教自由問題，但近來中國政府迫害教會的手段變本加厲，中國宗教自由和人權狀況持續惡化」。
歐江安也強調，教廷多次公開表示該協議僅處理教務，不觸及政治事務，而外交部會密切關注情勢，並深化與教廷邦誼。另外，香港榮休樞機主教陳日君是大力反對《主教任命協議》的人物之一，且他曾批評教廷不對香港局勢及維吾爾議題發聲，不僅傷害傳福音工作，也讓天主教會失去尊嚴和信譽。
香港新任特首李家超5月勝選隔天，陳日君就被以涉嫌與外國勢力勾結，違反《港區國安法》罪名逮捕，之後獲准保釋。儘管香港教區不在《主教任命協議》範圍內，但也是花了1年時間，新任主教周守仁才於2021年12月上任，使得外界推測香港教區可能會被收歸愛國教會管理。
香港高階神職人員和熟悉《主教任命協議》者5日告訴《支柱》，中國接管香港教區不太可能是下一步，但警告香港天主教會將面臨來自香港政府的壓力。由於香港天主教會透過港府長期租賃，擁有貴重地產，港府可能以沒收租賃，對「勾結外國勢力」的教會施壓，因《港區國安法》也管到海外募款。
