陳建仁是總統民選以來學術地位最高的副總統，目前仍以特聘研究員的身份支領中央研究院高薪，但他的言行卻是最欠缺學人風範，簡直是將黨派立場全然凌駕學術專業之上，即使是公共衛生專業上的言論主張，也迭引起高度爭論。最可議的是，他常利用學者的清高形象為同黨人擦脂抹粉，護航理由卻荒誕無稽。
最新的事例是民進黨桃園市長參選人林智堅的碩士論文醜聞，臺大認定林抄襲余正煌論文「情節嚴重」，核定撤銷其碩士學位。臺大學術倫理審定會發現，兩人論文經系統比對超過40%重疊，委員們逐章、逐段審閱，更發現有15處文字高度重疊。連論文最重要的中文摘要，林智堅全數7行文字與余正煌前7行幾乎一樣，且林無法提出證據證明其文稿早於余正煌完成。綜合所有事證，最終判定是他抄襲。
經過臺灣最優大學多位不同專長的教授走過嚴謹的程序調查，作出的結論事證確鑿，貴為中研院院士的陳建仁竟然跳出來為這個誠信蕩然的黨員同志辯護，所持理由卻都是不堪一駁的歪理，而且嚴重歪曲事實，不禁令人浩嘆這個當過中研院副院長的前副總統，究竟有無一點學術倫理概念？究竟有沒有查證事實真相的意願與能力？
陳建仁說，臺大突然發表林智堅論文案的結論，但對於當事人的論證並沒有充分的納入，這些一定要以事實為證據，來做更好的判斷，才是合理的。根據這些絕非事實的理由，陳建仁推演出一個結論：「這件事情在未來一定會真相大白，還給林智堅清白。」臺大調查逾一個月，開過數十次會議，邀請當事人到場說明，光是林智堅就邀請了三次，但他和指導教授陳明通都拒不出席。這個過程算是「突然」結案的嗎？林智堅的書面說明也詳細明察了，豈能說「當事人論證未納入」？委員們比對內容已到逐字檢驗的詳細程度，又有統計學家參與，甚至將余政煌帶到密室做答辯，以證明他對論文內容全盤深入了解，而陳建仁居然還質疑未以「事實為證據」？而臺大的判斷哪一點不「合理」，他全未言及，竟然就推斷終將還原「真相」，還給林智堅「清白」。這種論述水平比市場「柴契爾夫人」有何高明之處？
以陳建仁的學經歷，他對這些事裡應該不是蒙昧無知，問題出在他目前是忠心耿耿、埋頭效力的民進黨黨員，連兩位市長競選辦事處的「榮譽主任委員」都欣然就任，黨的利益高於一切，所以學術良知早已被他踩在腳底下。民進黨任何人都可為林智堅護航，只有陳建仁不行，因為他曾是地位崇高的學術機構高官。遺憾的是，他不但做不到管中閔校長期待的「自覺與自主」奉守學術倫理，還利用他的學者形象為林智堅狡辯、詭辯、強辯？陳建仁墮落為「抄跑堅」，「自覺與自主」地挺身為一個證據確鑿的抄襲者掛保證，這是對中研院學術研究以及國家名器的恣意糟蹋，無恥至極！（註：林智堅於12日宣布退選）
