未來若要避免這樣的荒唐，在此借箸代籌以下三項關於體制改革的方案，依層次分別敘述如下：
甲、修改《大學法》第九條
這次臺大與教育部的爭執點主要在於《大學法》第九條「學校組成校長遴選委員會，經公開徵求程序遴選出校長後，由教育部……聘任之。」這句話的意義。臺大認為選出校長後教育部就應該要聘任，教育部則認為自有准駁權。關於這點，法界看法各持己見。此一爭論未來是否能在訴願或司法程序裡獲得釐清，尚不得而知。
就事論事，公立大學校長既比照十四職等的公務員任用（在教育部職員名錄內還列在後頭）。如果大學選出的人違法，教育部就不能聘任，或須在聘任後解任。又，國立大學校長既然沒有聘書不能上任，教育部是有權不發聘書的，只要他願意付出政治代價。但若雙方鬧僵，總非國家之福。
制度上的設計為何容許鬧僵的情況發生呢？問題就出在現行規定（2005年版《大學法》）是「學校組成遴選委員會」。如果國立大學校長遴選委員會是如1990年最早建議的由教育部組成，或是如1994年版《大學法》規定的「兩階段遴選」，就可排除教育部故意操作的空間。
結論是：應修改大學法第九條，要麼恢復1994年版的相關規定；要麼將《大學法》第九條相關條文改為「公立大學校長由教育部或各該所屬地方政府組成校長遴選委員會，經公開徵求程序遴選出校長後，由教育部或各該所屬地方政府聘任之。」至於如何抉擇？要看立法委員諸公的智慧了。總之，法律的設計要前瞻未來，切忌但顧權謀之私。
乙、公立大學法人化
在臺灣的私立大學從來就是法人，但公立大學則是教育部附屬機關。「國立大學法人化」在三十年前就是熱議的話題，但是經過兩次的《大學法》全文修訂都胎死腹中。然而在現今世界上，大學而不是法人的，恐已所剩無多。公立大學法人化是將來必須走的道路。
世界上大學法人做得最成功的，毫無疑問是在美國。其中最重要的因素是大學之上有個「局外理事會」（lay board），以超然於校務的態度「監理」（不是「治理」）學校。在此建議，將來我們的《大學法》規定每所公立大學之上都設置一理事會（同屬一「大學系統」的諸大學，其理事會相同），負責監管財產，決定發展方針，審定預、決算，並組織遴選委員會物色校長。而這一理事會的成員必須都是學界、企業界或社會上了解高教並受敬重的賢達，超然於政黨之外，且任期要夠長。
這麼一來，公立大學校長的產生程序就全權交由這一理事會處理，不會再有教育部或校務會議不當干預的空間。
當然這一改革牽涉甚廣，關係到預算制度、大學經費來源、校務會議權責，甚至大學教師的身分與薪資制度等，不能期望一蹴可幾，應該擬訂長期計畫，逐步推行。
