台灣的黑名單與入出境管理制度有密切的關係，特別是限制國人出入境的規定執行的結果之一。二次大戰後初期，台灣並沒有嚴格限制入出境管制之規定，1948年台灣省政府制定「台灣省出入境旅客登記暫行辦法」，並在5 月16 日公布，但是沒有實施強力的管制，該辦法僅係規範入出境旅客之登記，入出境尚無須事前申請。
直至1949 年1 月身兼臺灣省政府主席與台灣省警備司令部總司令的陳誠正式上任後，為了因應中國大陸人士來台者漸多，衍生出的許多民生問題，1949 年3 月1 日開始採取嚴格的入境管制措施，此為戰後臺灣境管制度的濫觴。5 月臺灣省警備總司令部頒佈「出境登記辦法」，10 月和12 月公告限制役男和軍人的出境。臺灣一地的入出境主管機關，最主要為臺灣省警務處與臺灣省警備總司令部，依申請者背景之不同，分別辦理旅客、公教員眷與軍人軍眷出入境案件之審查發證。
從初期的「入、出分管」和「軍、民分管」，1952 年統合為「臺灣省保安司令部軍民入出境聯合審查處」，1957 年3 月改為「臺灣省保安司令部入出境管理處」。1958 年「臺灣省保安司令部」、「臺灣省民防司令部」、「臺灣防衛總司令部」、「臺北衛戍總司令部」等四單位，合併為「臺灣警備總司令部」，入出境管理處歸隸其下，此時的入出境制度，具有濃厚的「軍警共管」和「軍情合一」的性質。1972 年內政部警政署成立「入出境管理局」，業務由警總轉移至「內政部入出境管理局」辦理，為「內政部警政署入出境管理局」。表面上將入出國管理歸入一般行政，但軍情單位仍透過權責與人事的設計，依舊將入出境管制權力牢牢緊握。
至於黑名單在相關法令的規範下，正式名稱為「甲資、乙資參考名單」，甲資是針對本國人，乙資是針對外國人，而甲資、乙資之下均再細分列管等級，分別是註（一）、註（二）及註（三），「甲資、乙資參考名單」最早編定的時間仍待考察。根據1978 年版的《領事事務手冊》的記載，當時使所用的甲資參考名單是在1974 年10 月由內政部警政署所編印，乙資參考名單則是該署於1977 年8 月所編印，外交部於收到後再提供給各駐外單位使用，是駐外單位核發各類簽證時的重要依據。當時甲乙資參考名單依規定是「極機密件」，必須由專人保管並列入移交。
至於黑名單的產生，根據「駐外各館辦理海外華僑回台加簽業務規程」之規定，駐外使領館應與轄區內「黨部負責人士」、「忠貞僑社」密切聯繫，注意平日之安全調查，如發現「不妥言行資料」，應隨時報外交部轉知有關機關參考，此外，駐外安全工作人員所收集之安全資料，除按其規定處理外，應儘可能提供使領館參考。由此可知，甲乙資名單之蒐集，駐外使領館、中國國民黨海外黨部、各地僑社、駐外安全工作人員（如國家安全局駐美人員）、中國國民黨校園黨部人員等都扮演一定的角色。不過，駐外單位主要負責提報名單，最後的認定權責仍透過相關管道會報回國內，再由主管機關認定後，通知駐外單位。
