鑑定方法有4種，但對江國慶測試9回合中，有8回合無法辨識鑑定方法；測前會談不到10分鐘，時間太短增加結果的不確定性；題目間隔太短，提問時速度太快；膚電反應過高；控制問題沒有得到否定答案；沒有測後會談。
呂介閔被訴殺人案做了3次測謊，第1次是李復國受檢察官囑託施測判定呂介閔說謊，第2次由臺北市警察局施測判定未說謊，第3次由刑事局施測判定未說謊。3次測謊結果中，有2次沒有說謊，1次有說謊，究竟要如何認定？一審法官判無罪，理由是李復國的測謊程序有下列瑕疵：
測前會談只有12分鐘，徒具形式；儀器測試中曾經關閉記錄心脈血壓反應的儀器裝置；提問題目時間間距太短；製作的控制問題不當；沒有測後會談；受測人身心疲憊不適宜測謊。地院法官對測謊提出的疑義和監察院諮詢專家提出的審查意見大部分一致，專家增加測試不連續、測謊圖譜不連續以及缺少數字測試。其實這個測謊瑕疵和江國慶案幾乎雷同。
但是呂案檢方上訴後審判期間不斷發回更審，反而採取起訴書所稱的呂介閔有受測經驗後會有「測謊抗體」，僅採納第1次對呂介閔不利的測謊結果，不採認後 2次有利的未說謊結果。呂案最後無罪確定是靠DNA確認。顯見有瑕疵的測謊在審判中仍會被法官所採認，並採為有罪判決之依據。
桃園空軍基地彈藥庫失竊案也是監察院曾經立案調查的冤獄案件。當時3 位犯嫌由李復國測謊都被判定說謊後，被嚴重刑求逼供、拘禁羈押4個月半，因為又發生第2起彈藥庫失竊案，主嫌落網，否認被羈押的3人涉案，確定是一案兩破的冤獄案，才還3位當事人清白。監察院針對本案請諮詢專家就當初的測謊圖譜進行判讀，其中1人之程序瑕疵包括：測謊動作非常快速，只能依賴膚電反應單一指標來判定是否說謊，增加判讀錯誤的機會；缺少測後會談，失去除錯機會。另外2人，1人測謊結果的判讀是沒有說謊，1人是無結論，也就是無法鑑定。刑事局也曾經就此案進行測謊，結論是3人都沒有說謊。但是3人在李復國的測謊鑑定中，卻是全部說謊。
足見測謊鑑定結果的差異性、不可確定性，是可以因為測試人不同、題目不同、程序不同，而有不同的結果。這3件社會矚目的重大案件，案發時莫不以測謊結果作為偵查方向，或成為判決所援引作為認定犯罪事實的證據，以致成為冤案。
連李復國本人都認為測謊鑑定不應做為審判證據，那麼調查局為什麼要一直做測謊呢？他說，因為是院檢囑託，不能拒絕。而這個不能拒絕的測謊鑑定，卻有可能被法官拿來當證據，也就不難理解為何冤獄一再發生了。
