這個過程，蔡英文和陳建仁視為理所當然，却坐實了陳建仁為「學術特權」，中研院為了他「熱愛政治」，違反規則開了後門，院士加入政黨是個笑話，專任特聘研究員擔任政黨輔選工作是違反學術中立，請辭回任未重新啟動聘任程序是違反聘任程序，此番以「借調」出任閣揆，創下「中華民國最高行政首長」借調之首例，這已經不只是中研院的笑話，而是中華民國的憲政笑話，陳建仁輕看行政院，而中研院拍馬閣揆。
更重要的，完全違反中研院對研究員延長服務的規定，根據中研院《延長研究員與研究技師延長服務案件處理要點》，年滿六十五歲者可以延退，需逐年審查，最多只能延退到七十歲，特聘研究員每次延退不能超過三年，從陳建任上次「回任」已經超過三年，此外，根據該要點，「研究員、研究技師延長服務期間，限在本院支薪，不得借調其他機構。」會有這個規定，當然是因為學術表現而非政治作為，陳建仁「特殊延退」，却又特權要求借調，熱愛政治顯然超過學術，踩扁中研院的學術獨立以為上位之階，陳建仁對學術的「熱愛」叫人不敢恭維，或謂要求借調的是總統府，而非出於陳建人的主動，那就是蔡英文不知尊重學術為何物，這樣的總統比蔣介石還不如，同樣令人不敢恭維。
內閣改組需要院長，但不需要「借調的院長」
陳建仁抱著特聘研究員不放，被批評是不放棄特聘研究員比副總統、行政院長還高的薪給，這或許是把陳建仁看小了，畢竟行政院長薪給加特別費，比諸特聘研究員並不差，遑論手握中央政府龐大的資源與權力，唯一好處是一年四個月後，卸任閣揆中研院還是能享受高薪禮遇，但陳建仁是蔡英文「年金改革」的召集人，他一舉大砍全國軍公教的幾萬退休年金，自己卸任却還能月領數十萬高薪的特殊待遇，這樣的反差有多強烈，譏嘲就會多強烈，遑論即使卸任以其學術政治資歷，找個高薪智庫安身一點都不是問題。
陳建仁說他總是「從台灣的需要，看到自己的責任」，帽子很大，實則「蔡英文的需要」才是他考量的重點，因為蔡英文找不到她信任的第二人，不論如何，內閣既要改組，的確需要一位行政院長，但台灣不需要一位「借調的行政院長」，他若看到自己的責任，就應當知曉維護學術獨立與尊嚴，同樣是「最高行政首長」的責任，政治與學術，有時可兼得，有時不可兼得，既受命組閣，不可兼得的時刻到來，辭特聘研究員就行政院長，既不影響其中研院士之榮譽（院士是終身名譽銜），還能維繫他曾經且依舊熱愛的中研院的學術清譽，更能一舉排除外界訾議，這麼簡單的選擇，陳建仁何需腳踏兩隻船？
陳建仁組閣並無新意，多數留任或次長升任，留任者與他一般不乏「敗選戰犯」，諸如要提告宏碁的農委會主委陳吉仲、選前選後發言老出錯的衛福部長薛瑞元、不受好評却受任期保障的NCC主委陳耀祥…，他們不會因為院長換人就變一付面孔，少數新人不論是管碧玲任海委會、史哲任文化部，或者看不出任用邏輯，或者未就任爭議黑歷史就被起底，簡單講，這是一個不被祝福的內閣，但這也是短命內閣的宿命，既無盈可持無泰可保，陳建仁能做的就是不求大成但求少過，他自己當然得以身作則減少爭議，不要輕看學術界對「特權」的鄙夷和反感，這是對不被祝福的陳內閣的諍言─也是祝福。
