若分領域觀之，則中研院在各領域的表現都顯著退步（見表二）；生命科學研究的成績，尚排在全世界200名之內，但化學、地球與環境、物質科學三領域則都在200名之外。（值得注意的是，自李遠哲之後的三任院長，專長都屬化學。）
這些客觀的數據，真讓關心台灣學術發展的人大大地失望了！若說是由於薪津水準與研究經費不足，導致中研院與台灣大學學術研究不如理想；那又怎說明，中研院研究人員的薪津高於台灣大學甚多，又無教學負擔，但其研究成果竟輸給台灣大學的事實？只能獲致一項結論，就是中研院在李遠哲及他大力推薦的翁啟惠、廖俊智兩位院長的領導下，在持續沉淪！
其實中研院內部早有異聲，並經媒體報導披露：一、金字塔組織。需服從上層，升等才有希望；二、院長大權在握。掌人事、經費，缺乏監督；三、氣氛保守如公務機關。有未婚聯誼社，無學術社團。 而中研院近年來的人事與院士選舉，重視政治傾向與私人關係而非學術成就，導致人才出走的例子所在多有。
中研院的生態與風氣，的確是被李遠哲帶壞了。有一位與在美國和兩岸三地都甚有淵源的學界前輩評述：李遠哲把中研院政治化了（指鼓勵參與政治）；翁啟惠把中研院商業化了（指鼓勵申請專利）；廖俊智把中研院娃娃化了（指學術資歷與聲望不夠，竟在領取院士證書的同年受命擔任院長。）誠可謂一針見血，直指問題的核心！
李遠哲先生，您在2000年3月5日說「台灣正走在往上提升或向下沉淪的抉擇點上。」不久宣布辭去中研院院長，組成「國政顧問團」；當月底，您又宣布回中研院繼續擔任院長。這一段歷史，大家都記憶猶新。
二十多年來，在您的帶領之下，中研院為取得大量經費而不免排擠了政府對國立大學的投資；拒絕與大學合併，堅持自辦「研究生學院」；設立「智財技轉處」；新建許多大樓，增設許多研究單位；……，但可惜您在營造學術風氣與改進制度方面的建樹並不多。面對客觀數據所顯示中研院的穩定向下沉淪，您作何感想？
[1] 「特聘研究員」區分為第零到第八級，由院長核定。第八級月入增加1萬多，逐級增加；第二級月入增加15萬；第一級月入增加19萬；第零級則有很大的彈性，月入可達50萬以上。
[2] 中研院目前的研究單位臚列如次：數理科學組有數學、物理、化學、地球科學、資訊科學、統計科學、原子與分子科學、天文及天文物理八個研究所及應用科學、環境變遷、資訊科技創新三個研究中心；生命科學組有植物暨微生物學、細胞與個體生物學、生物化學、分子生物、生物醫學科學五個研究所及農業生物科技、基因體、生物多樣性、生醫轉譯四個研究中心；人文社會科學組有歷史語言、民族學、近代史、經濟、歐美、中國文哲、台灣史、社會學、語言學、法律學、政治學十一個研究所及人文社會科學研究中心。
