為捍衛學術自由，遏制中國在大學校園發揮影響力，德國教育部長呼籲大學停止與孔子學院的合作。
德國負責國內安全工作的「聯邦憲法保護局」（BfV）在剛發佈的年度報告指出，由於全面收集情報的作為，中國在經濟、學術間諜及外國直接投資領域是「最大的威脅」。
報告還稱，在中共擴大影響力的策略中，孔子學院尤其扮演「傳播中國無暇形象」的角色，在教育和研究領域，中國的行動和合作機制對學術自由恐造成傷害。
中國目前在德國經營19所孔子學院，其中絕大多數附屬在各地的大學。
針對情報單位的警告，德國內政部一名發言人告訴「商報」（Handelsblatt），從國家安全的觀點來看，這類合作「非常有問題」，因此內政部經常提醒大學注意相關的風險。
這名發言人說，孔子學院經費相當部分來自中國政府預算，可大幅減輕合作大學的財務負擔，卻有過度依賴和學術自我設限的危險。
德國教育及研究部部長史塔克－瓦特辛格（Bettina Stark-Watzinger）表示，面對中國對學術研究和教學的「直接影響」，有必要「劃清界線」，她要求德國各自獨立運作的大學結束與孔子學院的合作。
近年由於政治宣傳的疑慮，杜塞道夫（Düsseldorf）、漢堡（Hamburg）、法蘭克福（Frankfurt）、特里爾（Trier）等大學已終止與孔子學院的合作。
史塔克－瓦特辛格接受「商報」訪問時認為，應該有更多大學負起責任，用批判性眼光檢討與孔子學院的關係。
在德國，北京施壓孔子學院最著名的例子是2021年10月的一場新書發表會。
當時「世界報」（Die Welt）發行人奧斯特（Stefan Aust）和曾任駐北京記者的佳杰思（Adrian Geiges），原本打算在杜伊斯堡-艾森（Duisburg-Essen）大學孔子學院舉行「習近平 - 世界上最具權勢的人」新書發表會，這本書號稱是第一本有關中國領導人習近平的傳記，不料活動臨時被取消。
奧斯特表示，這本書其實客觀陳述習近平的一生，分析他對中國的影響力，中方卻以習近平「不能碰」和「無法討論」為由取消活動，可見書中指國家領導人在中國有超乎常人地位的分析沒錯。
