雖然與川普同為共和黨，但馬侃自川普競選時就與他水火不容。馬侃多次批評川普羞辱女性和少數族群的言論，公開表明自己不會投給川普。川普則是無端攻擊馬侃，說他在越戰期間曾被俘虜，在越南戰俘營待了5年多，根本不是戰爭英雄。諷刺的是，川普本人在越戰時期正值少壯，卻以「腳部骨刺」為由逃避兵役，從來沒上過戰場。
為了表彰馬侃對美軍的支持「2019財政年度國防授權法」（NDAA FY2019）特別以他冠名，但川普在8月13日的簽署儀式上卻隻字未提此事。今年5月《紐約時報》報導，馬侃已經向白宮表示，不希望川普出席他的葬禮，只希望副總統彭斯（Mike Pence）代表白宮出席。
It was my great honor to sign our new Defense Bill into law and to pay tribute to the greatest soldiers in the history of the world: THE U.S. ARMY. The National Defense Authorization Act is the most significant investment in our Military and our warfighters in modern history! pic.twitter.com/M6VI1c0Sgx
— Donald J. Trump (@realDonaldTrump) 2018年8月13日
去年7月共和黨試圖廢除《平價健保法》（ACA，即歐巴馬健保，Obamacare），剛公布自己罹患腦瘤的馬侃帶病重返國會，以關鍵一票封殺共和黨法案，導致法案以「49票贊成、51票反對」闖關失敗。馬侃事後發表聲明指出：「我們必須回到立法的正軌，將法案送回委員會、舉行聽證會、吸收兩黨的意見、聽取全國各州州長的建議，然後再提出法案，為美國人民帶來可以負擔的健保。我們必須努力工作，這是美國人民的要求，也是他們應得的。」
此外，馬侃也堅決反對曾在泰國設立「秘密監獄」，對囚犯動用水刑的前中央情報局（CIA）副局長哈斯佩爾（Gina Haspel）接掌中情局。川普總統特別助理沙德勒（Kelly Sadler）竟嘲諷馬侃：「無所謂，反正他快死了」，最後沙德勒被無預警解職。
