國發基金與國內多家創投公司，簽訂「委託經營契約」，國家級投資公司台杉投資，是少數依據「募資總額」計算投資管理費，不僅如此，馬政府時代「加強投資策略性製造業方案」等產業轉型基金，都有訂定「作業要點」與「投資案審理流程及管理原則」，除了有「投資審議會」與會前溝通會議二段審查機制外，工業局與國發會代表也參與每項投資案之投資審查，為了避免政府資金遭到濫用，還訂定「共同投資」機制，確保民間創投也參與投資。相較之下，台杉缺乏「共同投資」機制保護，如何避免普通合夥人「揮霍」基金資產，恐將是一大考驗。
台杉投資是2015年《有限合夥法》通過後，政府最大規模的創投基金委外經營案，相較於馬政府與扁政府時代的國發基金委外投資案，台杉最大的優勢，在於基金的運作上有高度的「彈性」。
以扁政府時代的「加強投資中小企業實施方案」為例，當時國發基金匡列100億元，由經濟部中小企業處委託民間創投投資中小企業，經濟部當時為建立監督機制，還訂定了《經濟部中小企業處辦理加強投資中小企業實施方案作業要點》；為協助鞏固中南美邦交，該作業要點還特別將國內中小企業「投資中南美友邦」之投資納入投資範圍。
「國發基金創投過去防弊徹底，台杉卻缺乏要求」
杜紫軍以馬政府加強投資策略性製造業，與加強投資策略性服務業2項方案為例，國發基金各匡列100億元，根據經濟部訂定的作業要點，受委託的民間創投，所有的投資案必須先送「投資審議會」會前溝通會，再送「投資審議會」審查。投資審議會分成兩塊，一塊是「產業投資委員會」，由主管產業的經濟部次長與產業科技專業相關部會次長級官員出席；另一塊則是「投資委員會」，由國發會副主委擔任主席，為確保審查的公正性，投票採全程密封投票方式進行。
國發基金過去的委外投資案，不僅在「防弊」機制上做到徹底，為了避免民間創投公司「揮霍」政府資金，也設計了共同投資模式，文化部的文化創意基金，至今仍然採取「民間創投投資1元，政府加碼3元」的模式。
杜紫軍表示，過去的產業轉型基金，不管是由經濟部中小企業處或工業局執行計畫，都有共同投資機制，以「加強投資中小企業實施方案」為例，中小企業處委託的7家民間創投，如果要動用國發基金1元，自己就要相對應拿出1/2元或1/3元；台杉投資的股東結構，絕大部分是官股與半官股，投資風險均由相關機構吸收，但對於投資管理機構卻缺乏「共同投資」的要求，未來有可能會發生「虧損，虧國家的」情況。
