對於外界質疑台杉的投資審查機制與收費標準，國發會官員強調，台杉公司為結合政府與民間資源，資金來源包含政府與民間金融機構等不同投資人，公司管理費係依投資標的階段別、產業別及地區別參酌國際市場行情決定，收費標準符合目前一般創業投資事業商業慣例。
國發基金官員強調，創投基金管理費依據國際慣例，大約為基金規模的2-3%左右，台杉基金收取2.5%管理費尚屬合理。至於台杉基金是政府委託民間創投案中，少數以「募資總額」計算管理費者，官員強調，「國外都是用承諾投資金額計算管理費，台灣創投基金先前因為係按照《公司法》設立，必須按實收資本額收費，台杉則是參考美國創投規定，改採募資總額收費。」
官員強調，「台杉在法律上沒有問題，作業程序上也沒有問題，在國際慣例上也沒有問題；至於投資風險方面，則是見仁見智，完全要看未來怎麼做投資才能判斷，現在談論都還太早。」
國發會的新聞稿也強調，台杉是國家級的投資公司，投資策略主要係配合政府產業發展政策，投資於5+2產業創新及新創事業，所有台杉投資案，均提請董事會討論通過，並依金管會規定留存相關資料，且開會過程均全程錄音或錄影存證，至少保存5年，投資績效追蹤或後續課責均有依據，並無黑箱作業情形。
「台杉目的是產業生態鏈串接，或可要求較高管理費」
中華民國創投公會主管表示，創投基金的投資管理費，基本上係由投資人與被投資人雙方共同約定，必須要看委託管理合約，普通合夥人或管理顧問公司必須承擔哪些責任，如果委託投資項目包山包海，當然可以 charge 比較高的管理費，雖然說目前市場行情是2-2.5%，但因為目前創投業不景氣，管理費多半是2%；不過，90年代創投業一片榮景時，2.5%的管理費可以說「比比皆是」。
創投公會主管表示，每一檔創投基金，隨著基金定位、承擔風險不同，收取費用都不相同，台杉的性質比較類似股權投資基金，主要目的是產業生態鏈的串接，投資對象部分是上市櫃前的創導期後期產業，和企業草創階段的育成期「天使投資」有很大的差異；天使投資不像創導期後期產業投資，無法做很縝密評估，必須靠投資經理人對產業的感覺與瞭解，與一般創投或股權投資基金都不同，因此在投資管理費的收費上，很難放在同一個基礎上衡量。
「台杉在國家產業的生態鏈上有扮演角色，配合政策任務，或許可以要求較高的管理費。」
