台北市政府廉政透明委員會8日下午召開針對大巨蛋案作出結論報告，輿論關注的前市長馬英九任內涉圖利遠雄，報告指出2004年9月20日，馬與遠雄董事長趙藤雄會面後，權利金頓時變為0；市府同意遠雄變更都市計劃分區，協助取得「住宅區」用途，涉圖利；馬英九顛覆行政程序，親自會見趙磋商事情，不合乎常情；以及馬掌握甄審委員會的10個名額，「足以通過任何議案」。廉委會將根據這些事證，向特偵組移送並告發馬英九與前財政局長李述德，亦建請立法院彈劾總統馬英九。
由於大巨蛋BOT案是在前市長馬英九任內簽約、評定包含遠雄集團的「台北巨蛋企業聯盟」為最優申請人，且任內也發生變更工程協力廠商、更改權利金等重大變更，故廉委會也一併檢討馬英九任內的爭議作為。
爭議一》920馬趙會後 權利金改為0元
針對最具爭議性的馬英九涉及圖利遠雄，讓權利金為0的作為，調查報告指出，在《促參法》11條以及大巨蛋招標公告須知內的規定，都有規定本案應有「權利金」，2004年9月1日，與北市府議約的遠雄都還願意提撥千分之1的營運權利金，北市府也仍未有放棄權力金的打算，但經過同年9月20日馬英九親自與趙藤雄會面商談後， 3天後的9月23日，馬任內的前財政局長李述德擔任議約主談人，進行第三階段第三次議約會議，便將權利金頓時修改為0元，廉委會甚至還有當天會議錄音逐字記錄。
錄音的會議記錄逐字稿中，李述德於會議上是這樣說的：「我們就按照9月20號協商的結論… …因為這是重大議題，所以特別由遠雄趙董事長跟市長親自見面，做一些溝通後，大家有共識。」又說「府裡的高層認為乾脆這個部分就不提，他不提，我們也不要求，回到都審的程序處理。」
由以上的錄音逐字資料可以發現，9月初雙邊都還有意願在權利金一事上協商，但在920馬趙會後，權利金透過李述德在會議上修改為0元，報告指出，「馬英九犧牲市府之權益，顯然已涉及不法圖利遠雄之行為。」
爭議二》市府同意變更都市計劃分區 加「住宅區」圖利遠雄
調查報告指出，土地使用分區在公告時，原不得當作「住宅」使用，但2004年9月23日當天會議上，李述德代表市府立場，同意在簽約後要協助遠雄辦理都市計劃的變更，讓該基地內加入「住宅區」的土地使用分區項目，使可做「住宅」使用，增加遠雄在該基地內的利益。
報告指，當時的部分甄審委員已發現，如附屬事業當住宅使用，違反公告及招商規定，如馬英九任內的都發局長許志堅表示此舉「不符合現行法規」，而2004年6月4日的議約會議上，遠雄也曾表示「住宅」是非常敏感的字眼，廉委會認為，議約小組跟遠雄在事前都了解變更的敏感，因為是遠雄的重大利益所在。
