不久，事情出了變化。1999年7月年李登輝在接受「德國之聲」錄影專訪中，提出「兩岸關係定位在特殊的國與國關係」（所謂「兩國論」）後，李遠哲和大陸的來往開始陷於尷尬。2000年李遠哲挺身支持民進黨的陳水扁擔任總統，他在3月5日那天的講演稿中寫：「……長期看，在一個地球村的架構下，兩岸之間的良性關係自應有所調整。統獨兩極論到時將沒有那麼大的差別，兩岸人民都可能達到各自當家做主，不受欺負的目標。……政治人物總以為中國與臺灣的政治關係特殊，以為經濟能改革，政治卻很難改變，我不相信兩岸之間注定只有這種改不了的惡運。如果我們能夠珍惜互相之間慢慢累積的細微共識，臺灣就不會陷入泥淖，非成為中共眼中美日所利用的反華基地不可；也不至於在他們心目中，臺灣變成了解決中國民族主義最後的尊嚴所繫，因此非併吞不可。」當時他明確表示願意為促進兩岸的交流與共識盡一分力量。
2000年5月陳水扁當選總統，李遠哲受命籌組「兩岸跨黨派小組」，經七次會議，獲致「三個認知、四個建議」。其中要點包括：認為兩岸現狀是歷史推展演變的結果；臺灣現狀改變需要以民主程序得到人民同意；以中華民國憲法來回應對岸「一個中國」的主張等等。可是就因為李遠哲積極介入政治，海峽對岸當局對他產生了疑慮。其後李遠哲有意到訪中國大陸，據知中國科學院大傷腦筋——不知如何拒絕一位諾貝爾獎得主，曾央請當時仍健在的柏克萊加州大學前校長田長霖婉言勸阻。
2002年6月，北京的清華大學為慶祝楊振寧八十大壽舉辦「前沿科學國際研討會」，邀請14位諾貝爾獎得主參加，李遠哲也受邀成行。但這時他發現一切都改變了；既沒能見到重要的人士，只好比預定時程提早離開北京。此後，李遠哲曾三度代表臺灣領袖出席APEC年會，見面的對象由江澤民換到胡錦濤；但實質上的交流僅止於「行禮如儀」。
時至2023年的今日，海峽兩岸關係更形惡化；而在美國政客的刻意引導下，甚至到達劍拔弩張的地步。回顧過去若干年，中國大陸與臺灣的學術發展互有優劣。中研院的現任院長廖俊智對兩岸學術交流持何種態度呢？據聞他竟對屬下的研究員質問：「這篇論文為什麼要與XX大學（中國大陸的）合作呢？」
李遠哲先生，這幾年兩岸的學術交流明顯式微，而您本人似乎也不再熱衷於此。然而學術本無國界，您不是也強調「經驗智慧都沒專利」嗎？有鑑於近年臺灣的學術研究表現不佳，而中國大陸進步飛速卻也日趨急功近利，兩岸的學術交流當能相勵互惠。學術交流也必有助於打開兩岸間的僵局，裨利和平發展。
兩岸的學術交流需要有分量的人來鼓勵並促成；在這方面，您的一言一行毫無疑問仍然馬首是瞻。衷心期望您能著眼於未來，在有生之年重拾當年的初衷，致力為兩岸的學術交流重啟新猷。這真是件難有他人可能取代的歷史使命！
＊作者為諄筆群主筆
