如前所述，光緒21年5月16日，林朝棟眷屬由汴子頭內渡赴閩；5月19日林朝棟帶勇北上至後隴，聞唐景崧已內渡，不久即內渡至泉州。林朝棟何以選擇不抵抗之策呢？可能有以下數因：
1.忠君觀念：身為清臣，林朝棟必然以順從君命內渡為上策，林文明（朝棟叔）違逆清廷引來殺身之禍的悲慘下場，記憶猶新。
2.不滿唐景崧與民主國官員：唐氏重廣勇而輕臺人，自他以下之民主國官員一心尋求機會內渡，林朝棟自然不願投入這場有功無賞，而可能自取滅亡的戰爭。
3.日軍之優勢：日軍武器、士氣等均凌駕清軍之上，勝算不大。
4.臺人命運共同體觀念未形成：在敵我優劣形勢下，未嘗不能結合全體人作一殊死戰。然而，「臺灣人」意識至清末仍未形成，無法成為抵抗外侮的號召力量。
5.保產觀念：在不利的大局面下，林朝棟選擇保身又保產之道，即本人內渡，而族人順服日人，以保住林家龐大產業。
馬關條約簽訂後，清廷諭知駐臺人員內渡，日本政府亦下令臺民在兩年內（即1897年5月8日前）選擇國籍，屆期不離台者視同日本臣民，臺人須在留臺當殖民地臣民，或回大陸當清國間做一選擇。面對乙未此一大變局，官、紳、富商、地主最惶恐，為避開險地，紛紛內渡。各府、縣、廳18名首長，僅有5人留下；富商也多逃往大陸或潛匿不出，原本力主抗日的仕紳眼看大勢已去，亦多內渡。大致上，經濟情況較佳者多先避難，乃有「富民盡去，無餉可籌」之局面發生。
據日人調查，臺灣人內渡者有幾類：一是大陸有田產者；二是有科舉功名者；三是不習日本政治制度、風俗習慣者；四是居處不定之勞工、為流言所惑、逃避鼠疫者，在280萬人口中，離去者計有4,456人，比例不算高，且其中有為科舉而內渡者。此外，至1897年5月選擇國籍截止日期前，又有不少人返臺入籍。據臺灣總督府「外事課囑託」陳託之調查，回中國之人，農工業者，每百人中有一、二人；富商、大賈，每十人中有一、二人；貴族、士紳則每十人中各有五人。可見與清廷關係愈密者、經濟情況愈佳者，歸清比例愈高。如板橋林維源在5月10日離臺，張士箱家族亦有族人內渡。
綜合觀之，林家原有意抗日，但因清廷已棄臺，在臺官員亦無意保臺，林朝棟改採不抵抗策略，不與日軍爭鋒。其中下厝系，自林文察至朝棟均身居官職，自然忠於清而內渡，另求發展。 至於其他族人，林朝棟則指令留臺以保家護產。
＊作者黃富三，歷任臺灣大學歷史學系教授、中央研究院臺灣史研究所籌備處研究員兼主任、臺灣史研究所研究員（至 2010 年榮退）。本文選自作者著作《霧峰林家三部曲：興起、中挫與重振》（聯經出版）
