在割臺之議確定後，林家如何因應呢？林朝棟與在臺文武官員大多遵旨內渡，另謀發展；其他族人基本上也採取不抵抗策略，大部分留在臺灣保產以因應。
光緒21年5月15日，唐景崧內渡後，臺北大亂，中部地方官亦紛紛逃離；16日，林朝棟命其正室楊水萍先率家眷，由汴子頭內渡避難。5月19日，他先至省城（今臺中市）領次月餉發予兵勇，然後列隊從熟徑至海濱，中部府、縣官員亦隨之而離臺。
林朝棟內渡後，中部防務空虛，日軍阻力大減，僅有部分棟軍仍參與義軍抗日。傅德陞所部棟軍即在新竹附近抗日，5月23日，吳湯興集各營統將誓師，棟軍謝天德、傅德陞營與姜紹祖、吳光亮等軍，均各分兵五成，前往楊梅壢迎戰，與日偵探小隊接戰，30名日本彈藥兵被斃28名；隨後日軍全力進攻大湖口等莊，吳湯興、吳光亮等兵敗，而駐紮新竹城之棟軍傅德陞與鄭以金等兵勇千人亦撤回彰化。
據聞，臺灣府知府黎景崧見二人遁歸，大怒，傅德陞出示林朝棟4月間之手書「散軍隊，偃棟字旗」，方予饒恕，不過他仍然決定反攻新竹城。閏5月9日，命副將楊載雲，統新楚軍二營及傅德陞、鄭以金二營（改隸新楚軍）進攻。傅德陞紮十八尖山主攻南門，砲火可達新竹城內；楊載雲主攻北門，鄭以金主攻西門，姜紹祖由枕頭山進攻；但均為日軍優勢火力所制，姜紹祖不幸陣亡。 又據日人資料，林朝棟與黃南球曾起草檄文，號召民眾響應抗日，黃南球並在新竹募集民勇抗日。但此舉是出自林朝棟授意或黃南球假林朝棟之名所發動的，待考。黃南球確實曾參與初期抗日之役，光緒21年閏5月，他率領勁字營練勇回苗栗，加入吳湯興的義勇軍，共同防守鳳山崎溪，但5月30日不敵日軍而退入山區；閏5月3日，率義軍襲擊新竹城。閏5月上旬，他派員至新竹、東勢角等地募勇抗日，某日，密謀與姜紹組、鍾石妹、傅德星（傅德陞）、徐驤等義軍合攻新竹城，但因洩密而失敗；8月14日，苗栗失守，15日他匆忙出走至廈門。
新竹淪陷後，由於林朝棟內渡，臺灣縣（今臺中）無兵，林氏族人又遵奉朝棟意，採取不抵抗之策，故日軍僅逢零星抵抗即直指彰化。光緒21年7月5日，日軍推進至頭家厝（臺中潭子）等莊時，莊民林大春等招集「國姓會」數百人迎戰，前棟軍管帶賴寬亦助戰，吳彭年並令鄭以金往援，但不幸敗回彰化。7月6日，日本近衛師團統帥能久親王抵大肚，準備進擊彰化。7月9日，日軍發動攻擊，發生慘烈的八卦山之役。在此役中，未見林家兵勇參與，惟原棟字隘勇左營管帶陳尚志率勇，與彰化知縣羅東勳、雲林知縣羅汝澤父子，臨陣督戰；但八卦山遭日軍三面圍攻而陷落，吳彭年、吳湯興均不幸陣亡。至此，中部抗日之戰告一段落。
