隔年安倍在從未入閣的情況下，就任自民黨幹事長，但後來因參議院選舉失利，被降為幹事長代理，直到2005年眾議院選舉大勝後，安倍才就任內閣官房長官。小泉純一郎於2006年任期屆滿辭職，安倍提出「打造美麗日本」等構想，首次角逐自民黨總裁，並以壓倒性的優勢擊敗麻生太郎及谷垣禎一，以52歲的年紀當選第90任日本首相。
.
— たかりん。7 (@takarin_7) 2016年1月1日
あけましてm(･ω･m)おめでとうございます
昨年までに
〝美しい国、#日本を取り戻す〟
体勢は出来上がり、
いよいよ総決算がやってきました
安倍総理とともに取り戻します。#在日一掃 #反日殲滅 #この道しかない pic.twitter.com/vpkuy2d4dD
小泉2001年參選自民黨黨魁時，表示若順利當上首相，將在每年8月15日（二戰終戰日）參拜靖國神社，但其在位期間因國內外批評聲浪不斷，往往選在終戰日以外的時間參拜，直到2006年卸任後，才開始在終戰日參拜。受此影響，安倍在2006年上任後，首先做的就是造訪中國及南韓，與時任中國國家主席胡錦濤、南韓總統盧武鉉會談，試圖改善因小泉前首相而陷入緊張局勢的中日、日韓關係。
第一次安倍內閣：醜聞收場
原本各方以為安倍就此開創嶄新局面，不料當時的稅制會長本間正明爆出不倫醜聞，內閣特命擔當大臣佐田玄一郎在事務所費用上動手腳，加上安倍上任後對北韓綁架日人、二戰慰安婦問題態度消極，引發輿論譴責。2007年參議院選舉時，更爆出農林水產大臣赤城德彥挪用事務所費用，自民黨選情雪上加霜，最終以歷史性慘敗收場。
10年前も辞める決断なかなかしなかったですなぁ…
— tsuyoshi_man (@tsuyoshi_man) 2017年10月28日
＞先月の参議院選挙の結果は、大変厳しいものでありました。国民のこの厳しい声を真摯に受け止め、美しい国づくり、新しい国づくりを、そして改革を再スタートさせるために、本日、内閣の改造をhttps://t.co/uELUu8uYR7 pic.twitter.com/bw55lMMZDi
參議院選舉失利後，安倍因後續處理不佳、腸胃問題遲遲無法痊癒等原因，雖然改造（改組）內閣但難挽頹勢。2007年9月底，安倍召開記者會，宣布辭去首相大位，第一次安倍內閣也隨之解散。第一次安倍政權總計維持1年又1天。隨著參議院選慘敗、安倍下台，日本政局也陷入長期動蕩，除了每年都換首相，長期執政的自民黨也在2009年的眾議院選中下野。
日本政界第二位「回鍋首相」
經歷一段時間的休養之後，安倍在2012年再次參選自民黨黨魁選，對上擁有廣大支持群的石破茂及石原伸晃，最後在麻生派、高村派支持之下，於最終投票打敗首輪投票勝出的石破茂，以逆轉勝就任黨魁與首相。這也是日本政治史上，繼1948年的吉田茂以來，第二次出現「回鍋首相」。
安倍重新回鍋後，即推動知名的「安倍經濟學」（アベノミクス），以大膽的金融寬鬆政策、靈活的財政政策，及促進並發展民間投資等三支箭，引起國內外關注，「安倍經濟學」一詞也成為2013年的流行語代表；而後2016年參議院選舉，自民黨雖在北海道、東北、信越、沖繩等地區陷入苦戰，但仍拿下較2013年參議院選舉更多的席次，安倍稱這樣的結果，為安倍經濟學受大眾信任的象徵。
第二次安倍內閣：絕處逢生
若說第一次安倍內閣的最大敗筆為醜聞，第二次安倍內閣遭遇的最大挑戰其實也是醜聞。參議院選舉勝出後，安倍政權強行通過「共謀罪」法案，而後爆發森友學園、加計學園弊案風波，加上眾議員豐田真由子爆出對前秘書職權騷擾、防衛大臣稻田朋美助選失言等事件，安倍政權形象重挫，導致自民黨在去年東京都議會選不敵小池百合子率領的「都民第一會」（都民ファーストの会）。《每日新聞》、《日本經濟新聞》皆評論這場敗北將對安倍政權產生巨大影響。
