引領第一波浪潮的思想家，是自由主義原型時期的培根。培根找過霍布斯擔任助手，而且也跟霍布斯一樣，抨擊過亞里斯多德與阿奎那對大自然與自然法則的看法。他主張人類有能力「掌握」或「控制」大自然，甚至能夠逆轉叛神墮落（the Fall）的影響，重新獲得永恆的生命。
在這種觀念下，自由主義和全新的自然科學緊密相連；而自由主義所倡導的市場導向自由經濟，也促使人類進一步利用、征服、掌控自然。近世的自由主義認為人性無法改變，人類天生自私，欲望只能設法駕馭，不能根本消除。所以人類所能做的，就是引導與生俱來的自私與占有欲，利用一種新的經濟與科學體系，來提高我們對自然現象的掌控能力，藉此增進個人自由。
但到了第二波自由主義思潮，一群人先後批評這種看待人性的方式。從盧梭(Rousseau)到馬克思(Marx)，從彌爾(Mill)到杜威(Dewey)，從理察．羅蒂(Richard Rorty)到當代的「超人主義」(Transhumanism)，都認為人性不是固定鐵板一塊。他們從第一波思想浪潮汲取養分，主張既然人類能夠征服自然，當然也能夠改變人性。
到了今天，第一波自由主義就是「保守派」，他們堅持用科學與經濟來掌控大自然，但反對用同樣的方式掌控人性。在他們眼中，為了經濟利益改變自然的行為幾乎都可以，但利用生物科技「強化」人類的行為大半都不行。至於第二波自由主義者，則愈來愈支持用科技掙脫肉體與本質的一切限制。當代的政治辯論，幾乎完全被這兩種自由主義者之間的爭執壟斷，而且兩種派別都捨棄了過去的觀念，沒有人想用前現代的角度，去設想一種完全不同的人性概念與自然關係。
因此，自由主義並不像人們常說的那樣，只是在改革政府的憲政體制，以及守護個人的司法權利。事實上自由主義試圖改變人類生活方式與整個世界。它的兩大革命性觀念，也就是人類學的個人主義觀，以及意志論的自由選擇觀，再加上堅持人與自然彼此獨立且二元對立的看法，催生出了一種全新的自由概念，這種概念讓人類的自主決定範圍無遠弗屆。
那之前的自由，是指人類在練習之後，從天生享樂欲望中掙脫而出的狀態。這種自由，讓每個人都能將自己培養實踐的美德，融入共同的決策過程中，它使城市得以自治，靈魂得以自決。這種社會最重視的就是每個人的自我管理，自我管理是種藝術也是種美德，只有在全人的教育中才能塑造。
但自由主義不這麼認為。它把自由理解為一種條件，一種讓個人行動不受實在法約束的條件。這樣的自由概念，當然會把它想像中的自然狀態化為現實，當然會用各種法律、政治、經濟、社會的結構，逐漸把每個人各自為政的生活方式，從它的理論中實現出來。自由主義讓我們能夠自主決定的東西愈來愈多，法律的出現與政府規模的擴大，壓制了所謂「自然狀態」無政府的渾沌暴亂。它也讓每個人從原本既有的社群中解放出來，彼此之間只剩下鬆散的聯繫；並讓人類進一步掌控自然、利用自然，藉此讓人類能夠做出所有自己想做的事。
