包括時任港大法律學者戴耀廷在內4名初選組織者區諾軒、趙家賢、鍾錦麟，位於被告名單最前列，他們皆選擇認罪。當中除戴耀廷外，其餘人士全都以控方證人身份作供，其供詞成為審訊焦點之一。
第五被告吳政亨也被控方指為組織者，他是擁有澳洲籍的港人，被指發起「三投三不投」運動，倡議選民在立法會選舉中只投票予民主派初選勝出者。他否認控罪。
其餘42人是參選人，包含香港主要反對黨，包括民主黨、公民黨、香港眾志、社民連、民協等，多位政黨領袖、前任議員、知名社運人士都在犯人欄內。例如香港眾志創辦人黃之鋒，民主黨前主席胡志偉，公民黨前黨魁楊岳橋，社民連前議員梁國雄，人民力量前議員陳志全，雨傘運動學生領袖岑敖暉等。另外也有不少區議員，以及在反修例運動後冒起、首次參選的政治素人。
16名不認罪被告及被捕時所屬政團：
吳政亨、鄭達鴻（公民黨）、楊雪盈、彭卓棋、何啟明（民協）、劉偉聰、黃碧雲（民主黨）、施德來（民協）、何桂藍、陳志全（人民力量）、鄒家成、林卓廷（民主黨）、梁國雄（社民連）、柯耀林、李予信（公民黨）、余慧明（醫管局員工陣線）
包含戴耀廷、區諾軒、趙家賢、鍾錦麟在內的31名認罪被告及被捕時所屬政團：
袁嘉蔚（香港眾志）、梁晃維、徐子見、岑子傑（社民連）、毛孟靜、馮達浚、劉澤鋒、黃之鋒（香港眾志）、譚文豪（公民黨）、李嘉達、譚得志（人民力量）、胡志偉（民主黨）、朱凱廸、張可森、黃子悅、伍健偉（天水連線）、尹兆堅（民主黨）、郭家麒（公民黨）、吳敏兒（工黨）、譚凱邦（新民主同盟）、呂智恆、劉頴匡、楊岳橋（公民黨）、範國威（新民主同盟）、林景楠、岑敖暉、王百羽
目前正流亡海外的社運人士羅冠聰、張崑陽和民主黨前議員許智峰也有參選，他們現正被國安處懸紅通緝。初選案大檢控後，當中不少民主派政黨和團體陸續解散。
控辯方爭議什麼？
控方指稱被告，協議在立法會內無差別否決政府財政預算案，迫使特首下台及解散立法會，因此47人是「串謀顛覆國家政權」，而初選是整個謀劃的一部分。控方提出的證據包括：引述戴耀廷表示民主派取得立會過半有如「大殺傷力憲制武器」、〈真攬炒十步 這是香港宿命〉的報章投稿，倡議民主派議員利用議事手段癱瘓政府。
民主陣營希望透過初選協調出勝算最高的代表，在正式選舉中減少互相搶票，增加席次過半的機會。以年輕參選人主導的抗爭派初選前發起〈墨落無悔 堅定抗爭〉聲明連署，稱一旦當選，會運用「運用基本法賦予立法會的權力，包括否決財政預算案，迫使特首回應五大訴求」，控方指獲得30多位被告以個人或政黨代表連署。這一份聲明也成為控方引用的重點理據。
辯方在審訊中爭辯稱，表決預算案的權力、特首解散立法會的機制都是法律訂明的「合法手段」，因此不可能違法。事實上，以往亦有民主派多次否決預算案。辯方表示，被告透過民主選舉讓市民選出代議士，依據憲政機制推動變革和向當權者問責，不應構成顛覆。
辯方並爭辯，香港法庭應以普通法原則詮釋控罪所指的「非法手段」，理應有武力元素才算犯法。另外，控方證據包含很多在《國安法》生效前發生的事，辯方質疑這些言行不可被採納。
學者分析，這次法庭將會判定異議者的公開投票是否被視為國安罪行，以及立法會行使預算案否決權會否犯法。而法庭判定各被告在案中的角度和參與程度，會直接影響量刑，最輕的一級是判囚3年或以下，最重是終身監禁。在一般情況下，不認罪被告一旦罪成，獲刑會比認罪的為重。
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