海基會董事長鄭文燦在桃園市長任內土地開發案涉及貪汙案，在政壇投下震撼彈。《風傳媒》獨家報導，總統賴清德當初對於海基會董事長一職，原本屬意「台南幫」的前監察委員吳豐山，後來被前總統蔡英文攔胡，不得不用鄭文燦。前立委郭正亮則指出，吳豐山比較中道，主張「不要講獨立」，而是「兩岸分立、和平非戰、共存共榮」，但現在兩岸都搞砸成這樣，等於是要收拾這個爛坑，有講兩岸的空間嗎？「如果他沒有接受，只能海基會秘書長羅文嘉硬上了！」
前立委郭正亮7日在電視台政論節目上指出，海基會董事長一職，當時賴清德是真的要邀請吳豐山接任，而6月海基會董監事會是最佳時刻，但現在兩岸都搞砸成這樣子了，等於是要吳豐山去收拾爛坑！
郭正亮分析，吳豐山的立場其實很清楚，他以前就認為「不要講獨立」，而是「兩岸分立、和平非戰、共存共榮」，吳豐山的立場是這樣，這和民進黨立場不太一樣。疫情期間買BNT疫苗時，吳豐山也批評前衛福部長陳時中，「只要能夠救人，哪裡的疫苗都一樣。」
郭正亮披露，以前前總統陳水扁也找過洪奇昌接海基會董事長，洪奇昌兩岸關係不錯，但也沒有用，根本去不了大陸。郭正亮還說，鄭文燦曾提出一個想法，可否讓海基會人員「混團」去大陸，也就是海基會人員在各種訪問團裡面，一起參訪對岸，但大陸方面還是拒絕，一定要透過兩岸兩會（海基會、海協會）。
郭正亮認為，吳豐山比較中道，但目前的氛圍，吳豐山有講兩岸的空間嗎？他自己也會看吧！現在北京連「懲獨22條」都出來了，有些人就會想說算了，「如果吳豐山基於這樣的考慮沒有接受，大概只能（海基會秘書長）羅文嘉硬上了！」
在2019年民進黨內總統初選時賴清德挑戰蔡英文，吳豐山在媒體專欄提到，他雖然肯定賴清德戮力從公，有所為有所不為，不過並不照單全收。吳豐山在文中提到，他曾問賴清德的台獨論，並告訴賴，「我從20年前就主張兩岸分立、和平非戰、共存共榮、互利互惠。」吳豐山說，「希望賴清德永遠能夠外慚清議、內疚神明，千萬不要一朝登頂，便就前呼後擁、顧盼自雄，忘了我是誰。」
