殖民統治也在這座群島上引起政治與社會緊張，或是造成既有緊張關係的惡化，包括在殖民者與被殖民者之間，以及在東印度群島的原住人口之間。這些緊張關係包括各方競逐貴族特權，或其他特權所引發的衝突，而這些競爭者就會動員當地人口對抗自己的對手，並且經常獲得荷蘭官員和軍事力量的協助。另外有些緊張關係植根在階級衝突裡，例如介於不滿的農民與他們的地主之間，或是農業工人與經常受到荷蘭人支持的種植園主之間。還有些緊張關係則是宗教與文化的信念或實踐當中的衝突，而荷蘭當局經常會支持表面上屬於「傳統」的特權，打壓現代化人士與民族主義者的主張。
殖民時期其他對於印尼造成長久影響的特徵，還有慣例性地使用本土人口輔助部隊鎮壓反抗行動，以及藉由國內流放手段懲罰批評者與反對者的做法。在十九世紀末與二十世紀初，於亞齊乃至峇里鎮壓反殖民反抗行動的殖民軍隊當中，絕大部分都是由荷蘭軍官指揮的土著部隊構成。實際上，土著士兵在殖民武裝部隊當中占有主要地位，然後又在荷蘭人的指揮下被派去殺害以及羈押其他土著人口。這樣的經驗留下了深刻的傷痕，而且大概也影響了印尼的武裝部隊在革命以及獨立後時期所採用的戰略與戰術。同樣的，印尼當局後來也採取荷蘭殖民當局的做法，對付反抗運動的領袖以及其他對手，把他們流放到群島上的偏遠地區，例如巴布亞島上的波文帝固爾（Boven Digul）。一九二六年印尼共產黨起事的領導者，以及像蘇卡諾這樣的民族主義人物，就是在一九三○年代被荷蘭人送到這類流放地。
日本在二戰期間的短暫占領（一九四二至一九四五），也對印尼的政治發展造成重要影響，促進民族主義觀念的迅速擴散、加速大規模政治動員的步伐，並且如同安德森所言，讓印尼人「首度體驗到一個抱持軍國主義意識形態的軍事化國家」。除了協助像蘇卡諾這種老一輩民族主義人物的活動，日本當局也促使前所未有的眾多年輕人加入群眾政治組織，並且鼓勵他們參與各種軍事和準軍事團體。那些組織為印尼的年輕人培養出好戰的姿態與高昂的鬥志，也造就出許多以青年為主的準軍事部隊，稱為戰隊以及抗爭組織，結果在日本於一九四五年八月戰敗之後的印尼民族革命當中扮演了中心角色。那些組織裡最重要的一個是日本在一九四三年底面對同盟軍進逼而成立的一支本土人口輔助部隊，稱為鄉土防衛義勇軍（Pembela Tanah Air, Peta）。值得注意的是，在一九四五年底至一九七○年代末，印尼陸軍大部分的軍官都出身自鄉土防衛義勇軍，包括蘇哈托將軍在內。
相當關鍵的一點是，印尼的民族主義鬥士藉由日本占領當局而接觸了日本戰鬥部隊所採用的若干較為惡名昭彰的技術與做法，包括刑求、虐待、任意監禁與集體懲罰，然後又把這些做法傳給了印尼的國民軍（Tentara Nasional Indonesia, TNI）。實際上，印尼部隊在一九六五至六六年用於刑求及懲罰的許多特定手法（包括假處決、把人浸泡在汙水裡、性侵害、以點燃的香菸炙燙，以及利用陸軍的戰地發電機處以電刑），看來都是直接取自日本的戰時做法。在一九六五年之後用於羈押政治犯的那些高度軍事化的拘留營，不論是形式還是囚犯控制制度以及懲罰方法，也和日本部隊在一九四二至一九四五年間於印尼設置的戰俘營極為相似。換句話說，日本的占領似乎影響了印尼國民軍的機構文化以及暴力手段。
＊作者傑佛瑞．羅賓遜（Geoffrey B. Robinson），加州大學洛杉磯分校歷史系教授。本文選自作者著作《殺戮的季節：一九六五至六六年印尼大屠殺史》（春山出版）
