印尼民族革命（一九四五至一九四九）對於建立印尼這個後殖民國家的主要輪廓而言尤其重要，不但在其制度與立國敘事上留下了無可磨滅的印記，並且永久形塑了政治衝突的主要焦點。這場革命雖然是一項難以簡單描述的複雜事件，但主要是一場民族抵抗戰爭，因荷蘭人在第二次世界大戰接近尾聲之際，企圖返回他們的前殖民地而引發。在荷蘭及其盟友能夠返回印尼的好幾個月前，印尼民族主義者就在日本投降之後，隨即於一九四五年八月十七日宣布獨立，因而對荷蘭此舉極力抗拒。
等到同盟國部隊在一九四五年十一月登陸印尼之時，印尼民族主義者已無意放棄他們新近獲得的自由，尤其是在蘇卡諾及其同僚帶領之下宣布獨立的世俗民族共和主義者。荷蘭人則是堅稱東印度群島屬於他們所有，而且共和主義者只是一小群激進人士與「恐怖分子」，由於在戰時與日本人合作而毫無可信度。這項指控尤其針對蘇卡諾，因為他確實為了追求自己的民族主義目標而與日本人合作。荷蘭與同盟部隊的抵達造成激烈而且曠日持久的戰鬥，斷斷續續地一路持續到一九四九年底，然後荷蘭才終於在聯合國與美國的壓力下接受印尼獨立。值得注意的是，那些對荷蘭施加的外部壓力，是在共和當局於一九四八年九月鎮壓了茉莉芬的左翼暴動之後才開始真正出現，因為那項鎮壓舉動向美國政府證明了共和當局的確是真心反共。
民族革命的軍事層面，在若干重要面向形塑了印尼陸軍的規範與實踐，也就是其機構文化與行事手法。荷蘭部隊對於印尼民族主義者與日本人明顯可見的合作深感憤怒，又因為他們本身在日本戰俘營裡的可怕經驗而心懷怨恨，於是採取了一些做法，在當時被部分人稱為「納粹策略」，到了晚近則是被描述為戰爭罪行。他們也許是模仿自己先前的敵人，而在沒有起訴或審判的情況下，羈押了好幾千名被懷疑為獨立支持者的人士、以刑虐作為懲罰或逼供的手段，並且為了報復而放火燒毀整座村莊。在被認為支持共和反抗分子的村莊裡，荷蘭殖民部隊甚至舉行了大規模處決，並把屍體丟棄在鄰近的河流與灌溉溝渠裡，就像印尼行刑隊在二十年後對他們的共產黨受害者所採取的做法一樣。
另一方面，印尼民族主義部隊經常採取的手段，則是被他們的對手描述為「恐怖行動」，在今天也會被視為是嚴重違反人權的行為。他們受到自己從日本人那裡吸收而來的好戰與鬥志所驅使，而且可能也借用了他們當初看到日本部隊在占領期間採用的方法，因此也會放火焚燒他們懷疑是對手支持者的村莊、刑求被羈押者以獲取資訊，有時也會殺害遭到監禁的通敵嫌疑犯。印尼在一九四九年獨立之後，這些手段就成了印尼武裝部隊的機構行事手法以及文化當中的一部分，在陸軍於一九六五年底展開對付左翼人士的行動之時也仍然沒有改變。
