政治獻金爭議還未平息，柯文哲又被爆出今年五月拿4300萬新台幣（約954萬人民幣，1049萬港幣）選舉補助款，現金購入位在立法院附近的商業辦公空間，而且登記在自己名下。
依照《總統副總統選舉罷免法》規定，各組候選人選舉得票數達當選票數三分之一以上者，應補貼其競選費用，每票補貼30元。
換算得票，柯文哲獲得1億1071萬3980元補助款，總統當選人賴清德、國民黨候選人侯友宜，選舉補助款分別為1.6億與1.4億。根據台灣媒體報導，賴清德、侯友宜將補助款全數捐出，個人並未領取。而柯文哲稱，依照民眾黨規定，補助款三分之二歸個人。換算約為7380萬9320元新台幣。
其後，柯文哲坦承商業辦公空間登記在個人名下，是他思慮不周，但原本購買就是要做民眾黨辦公室使用。未來商辦信託事宜，將交由律師處理，購買商辦剩下的補助款，將由讓民眾黨中央黨部統籌運用。
政治獻金帳目不清，加上選票補助款購買在個人名下的商辦，種種爭議，讓從政10年來主打的「清廉」的柯文哲形象大傷。
周二（8月27日）公布的民調顯示，以年輕人為群眾基礎的民眾黨，20至24歲支持度大跌17.7百份點 ，僅剩22.1%、25至29歲支持度也減少11.7百份點，跌至30.7%。
疑涉土地弊案
柯文哲八月的風波還沒結束。廉政署調查，柯文哲在台北市長任內，將市中心精華地段商場「京華城」的土地容積率，從560%提高為840%，過程疑涉及護航業者。
檢方調查，台北市議員應曉薇涉嫌收受來自威京集團主席沉慶京，高達逾4000萬台幣的「關說費」，在6年內透過陳情、施壓等方式，提升京華城的容積率。京華城透過容積圖利的金額，可高達上百億元新台幣。
從今年五月偵辦京華城案至今，檢方以證人身分傳喚超過20名台北市政府官員。周四（8月29日）裁定羈押應曉薇、沉慶京。柯文哲的住家、辦公室、民眾黨中央黨部，周五（8月30日）遭檢方搜索。檢方將再比對金流，追查柯文哲是否有違反貪污或財產來源不明等罪責。
民眾黨周五下午宣佈成立緊急應變小組，表示民眾黨會配合司法調查，維持黨務運作，全黨團結力挺柯文哲。
應變小組共同召集人、民眾黨團總召黃國昌沒有具體回應現場媒體關於「誰是代理黨主席」的提問，表示「現階段不會有代理黨主席的問題」。
至於柯文哲在京華城弊案中是否有罪？民眾黨是否還能保有第三大黨的地位？諸多問號，仍待時間解答。
