在此議題上，章炳麟再次處於梁啟超的對立面：漢人與蠻夷不能、也不應合併，帝國應分裂以適應其人民的不同命運；漢人不僅異於蠻夷，兩者間互為敵對，且蠻夷更加劣等。其遠遠超越譚嗣同發自內心視滿蒙二族為「卑劣」種族的想法，發展出一套依賴於一連串與異族身分認同相關的思想前提的漢人身分認同學術研究。他顯然意識到達爾文式，以歷史過程推動轉型的觀念，但章炳麟是環境論者（environmentalist），其思想類似於同時代的喬治．肯楠（George Kennan the elder，一九○四至二○○五年）、老羅斯福（Theodore Roosevelt）、賴德（George T. Ladd）、新渡戶稻造等人―認為一個民族的自然史、食物、氣候與地貌決定其民族特徵。最深刻的參考來源是十七世紀的本質主義者，其身分認同的理想觀念受到乾隆朝廷的正當化。雖然章炳麟反對將孔子神格化，但其對一些文獻確實抱持類似虔敬的態度：他與呂留良一樣相信，哲學與歷史文獻存在一種潛在的反蠻夷訊息，即支持中國君主驅逐蠻夷的「祕訣」；此一訊息反映在《左傳》、《春秋》、宋代與清初及更現代的文獻中，例如戴震的《孟子字義疏證》就是針對滿人的隱晦攻擊。章炳麟認為此訊息的本質是永恆的：對自己同胞忠誠、忠貞並自我犧牲，由此將產生正義與文明的進步。但章炳麟如同呂留良與顧炎武，不屑那些只知遵守「尊王」、而忽視其目標「攘夷」的人；他甚至引用顧炎武對中古早期學者的譴責來駁斥自己的老師俞樾。以此面向來看，章炳麟的某些言論與其尊崇的十七世紀英雄相似，但基本推理與他們截然不同。
章炳麟對滿人的仇視根深柢固，堅定到阻礙其邏輯，且對其種族主義政治來說是如此不必要，以至於令人費解。不同於梁啟超等人，章炳麟從未聲稱其反滿主張僅僅是「策略」；確實，比起一九一一年之前，其晚年更關注歐美與最終的日本帝國主義問題，但章炳麟自年少就是反滿的偏執者，就連那些理解並尊敬他的滿人也知道這一點。對章炳麟來說，即便是華夷之辨也比不上滿漢之間的矛盾。在大多層面上，其都是強烈的泛亞洲主義者，認為中日應出於戰略原因合作，但這些原因又不僅止於戰略考量：不同於滿蒙二族，日韓並非「異族」，而與漢人「同族」，可見對章炳麟來說，根本的矛盾在於歷史。
滿人的祖先可從《左傳》一路追溯下來，且得益於乾隆帝的文學大計，讓滿人貫穿所有的帝國時期，最終在明末化名為「滿洲」。其嗜血、貪圖漢人的權勢、黃金、婦女與財物的本性亙古難移，永遠不會停止顛覆並控制漢人社會的陰謀。一八九八年，梁啟超與康有為否認有受過教育、公正且人道的滿人，章炳麟倒是願意承認這一點，並在著作中加以提及（特別是〔愛新覺羅〕壽富與〔瓜爾佳〕金梁），但同時也嚴厲警告：他們也許是好人，但他們仍然是剷除邪惡清帝國的有害障礙。章炳麟提醒讀者莫要忘記《左傳》之言：「非我族類，其心必異。」清朝在一九○四年後承諾立憲，章炳麟也對此憤慨不已：無論是否立憲，章炳麟大聲疾呼，他們終將被消滅；無論是否善待人民，他們終將被消滅；無論是否公正，無論是否救人民於水火，他們終將被消滅。
