總統賴清德在總統府底下設立三大委員會，預計每一季開會一次，其中健康台灣推動委員會已經於8月完成第一次會議，目前尚未開第二次，當時賴清德也強調，2025年度衛福部整體預算，比2024年度增加318億元，達到3702億元，當中預計投入607億元來擴大醫療及照護投資，打造「健康台灣」不是口號。「健康台灣」政策旨在提升全民健康，強調癌症防治、健保財務支持，以及對菸品管理。然而，政策的實現面臨經費需求與健保財務缺口等挑戰，各界建議透過商業保險補充和民間捐款等方式來確保政策的可持續性。
然而，作為當前的重點政策，經費是否充足仍是健康台灣推動成功的關鍵因素之一。黨政人士表示，目前各項規劃正逐步展開，健康台灣涵蓋了多個層面的健康議題，包括癌症防治、健保制度強化等，這些政策都需要充足的資金支持。該人士強調，相關專家與學者會持續參與討論，並針對經費分配、實施細節等問題進行評估，確保政策能夠切實推動，最終實現提升全民健康，以及賴清德預計的提升人民平均餘命的目標的目標，都會持續討論。
賴清德在上任後，成立「健康台灣推動委員會」並擔任召集人，3位副召集人分別是健康台灣推動聯盟召集人、醫師陳志鴻，國家生技醫療產業策進會長翁啟惠與行政院政務委員陳時中。其中針對許多癌症病友關心的「癌症新藥基金」，賴清德當時表示，明年會以公務預算50億元撥入健保基金，預計2026年達到100億元的規模，並將推動「第五期國家癌症防治計畫」，且從明年起癌症篩檢預算增加40億元，達到68億元，提升癌症篩檢率。
另據財政部數據，112年度共徵得437.57億元菸稅，其中有275.22億撥入長照基金，菸品健康福利捐則徵得275.16億元，逾7成用於健保安全準備、醫療科技發展、罕病醫療與癌症防治等。對於已經凍漲15年的菸捐，國健署署長吳昭軍在2024年5月時表示，根據法規，本來每年2年就要檢討菸捐相關政策，根據時程，研究調查結果10月份左右會出來，預計11月底會召開跨部會會議，12月呈衛福部部長核定，不管結果有沒有要調整，固定流程都是要完成的，待部長核定完成就會公布。
一黨政人士表示，對於相關經費來說，目前還未做細部討論，至於對於菸捐、菸稅的部分來說，目前仍有不同的聲音，衛福部也有自己的看法，他們認為，目前的加熱菸相關健康風險評估中，對於人體的影響仍大，所以對於相關審查都是「從嚴審查」，這也是為什麼至今還沒有通過的原因，但是確實有造成嚴重的稅損影響，對於相關的方案、討論，都有持續在討論，並且進行改進。而且菸品的問題複雜，並不是簡單就可以解決，相信相關部會將會作出最妥適的討論。
在第一次健康台灣委員會時，高醫大校長余明隆發言時表示，衛福部健康台灣願景規劃設定 3 個影響性指標，契合WHO2030年SDGs3.4指標，並建議結合全民運動、 淨零排碳之主軸，以及增加空汙、菸酒防制等政策，可扣合WHO宣示，健康台灣推動成果將可讓我國躍上國際舞台，變成前進WHO之助力。副召集人翁啟惠表示，建請研議開放癌症新藥基金讓民間捐款並抵稅，甚至成立其他疾病基金，並將基金交給專業人士經營，以確保永續。
台南市立安南醫院院長張鴻仁書面意見表示，新藥和新醫療科技推升保險成本，健保面臨千億缺口，無法僅靠調漲保費解決，必須借助商業保險的補充。由於民營保險難以負擔癌症新藥的擴大給付風險，建議推出健保協同商保的「政策險」，解決健保財務缺口。針對癌症新藥給付進行試辦，初期每年約需千億預算，若運行順利，再逐步涵蓋更多醫療需求。此政策險的設計將考量全民可負擔性，降低行政成本，提升保費可近性，並鼓勵企業補助，達成全民健保和商保互補的政策定位。
