在淡水河以南，一直到八卦山，日軍受到強烈的抵抗。為什麼日軍在這些地區會受到劇烈抵抗？桃、竹、苗地區是18世紀末至19世紀初才積極開發的新墾區，因是丘陵地，常要面對原住民的侵襲，須有自衛的武力。這些地區領導抗日的人，都是一些地方上豪族、地主或墾首，他們在當地有名望、有武力，靠著這些條件打游擊戰。這種靠地形的游擊戰，讓日軍渡過淡水河後吃足苦頭，他們不會正面與日軍戰鬥，當日軍來了，就笑臉相迎；等日軍過去了，就攻擊後面的部隊。日軍進入臺灣以後，沒有受到大型的抵抗作戰，卻遭遇不少游擊性的、突發性的戰鬥，日本人沒辦法分清楚哪些是抗日份子，哪些是歡迎日軍的人。分辨不出順民與抗日份子，又在敵我難分的情況下，日本人就在桃、竹、苗地區進行無差別屠殺，更而激起以前並未積極抗日的人出來加入抗日的行列。
相較於台北鬆散防務，台南則由抗法名將—劉永福的黑旗軍鎮守，唐景崧逃走後，台灣的清軍勢力就聚集在劉氏麾下。對日軍而言，消滅劉永福象徵全島底定，日方審慎的評估後，擬定三面攻佔台南計畫：
1. 能久親王率領的近衛師團由陸路南進，直向台南。
2. 乃木希典將軍率領第二師團乘軍艦，從南部枋寮登陸，由南向北夾擊台南。
3. 貞愛親王率領混成第四旅團從布袋登陸，由側面進攻台南。
這三面攻佔計劃顯示日軍確實掌握了當時台灣的政治和地理環境：台灣北部的清軍勢力過早退出，無法有效牽制日軍，讓日軍有充足的兵力南下，於府城外圍村莊遭遇激烈抵抗，再次演變成無差別、報復性的屠殺。以小街、村落的巷戰、游擊戰居多，時常造成日軍過多傷亡及久攻不下，因此就有燒庄、任意屠殺婦孺之舉。
三、「走番反」――「蕭壠事件」
走番，係指居住於台南西部沿海一帶的平埔族――西拉雅族，因為擅於奔跑故而得名。蕭壠是現今佳里舊地名，「蕭壠事件」是該區住民面對1895年的台灣割日，不願屈於日人統治而做出的反抗事件。此事件在台灣的抗日史上，被視為區域性之抗日運動鮮少被討論，但它所衍生的殖民統治，卻是印證當時帝國無差別屠戮行為最佳例證。
當貞愛親王混成第四旅團由布袋登陸，一路從義竹、東石，往台南北門的新圍仔、雙春推進，除與駐守鹽水港汛、新營等處的近衛師團相呼應外，又渡過急水溪佔領蚵寮、竹篙山、宅仔港……等等。其中第五聯隊長佐佐木大佐又派遣渡邊少佐帶領部隊涉水渡過北門鄉蘆竹溝，經將軍區的苓仔寮、漚汪，進入蕭壠，然後往台南府城前進。佐佐木大佐的部隊則經由學甲中洲，進入蕭壠。貞愛軍團的攻擊路線就是沿著台南近海鄉鎮進攻，由北向南逐漸往府城的入口――蕭壠靠近。
