儘管社會組織補充了政府職能的缺失，但和新的經濟組織一樣，新的社會組織改變著社會主義公有、國有體制。社會組織發展必然帶動更大的社會參與，儘管其與中共群眾路線的思想和統一戰線的策略相適應，但和中共一黨獨大的局面相衝突。獨立社會組織不僅難以得到黨國信任，黨國政令也難以通過社會組織傳達和推動，而缺乏黨領導的社會組織在大陸黨國體制下也是寸步難行，常常受到公安部門的騷擾和業務主管單位的剝削。
中共一直關注社會組織的黨建工作和統戰工作。1998年和2000年，中央組織部曾兩次下文要求加強社會組織黨建工作。中辦、國辦[1999]34號文件《關於進一步加強民間組織管理工作的通知》要求社會組織黨建工作由其業務主管單位負責。
2011年，在周永康擔任中共中央政法委書記期間，中央社會管理綜合治理委員會成立，周親自任主任，下設「兩新組織專項組」，負責新經濟組織和新社會組織的管理服務工作。目前，大陸從中央到鄉鎮一級黨委和政府均建立了社會管理綜合治理委員會及其下設的兩新組織專項組。除政法委、公安部門和國家安全部門外，專項組成員單位有工商管理部門和民政部門，還包含黨的組織部和統戰部，負責黨建和統戰工作，包含共青團、工會、婦聯、外事、僑務、民族和宗教等管理部門。
目前，大陸社會組織總共成立83066個基層黨組織，有82.68萬名中共黨員，黨組織總體覆蓋率從5.8%提高到15.4%。
中共十八大重申「加大非公有制經濟組織、社會組織黨建工作力度」。十八大後，除繼續加強社會組織黨建、開放社會組織登記和購買社會組織服務、加強對境外組織管控外，兩新組織專項組開始重視社會組織在預防社會犯罪和維護社會穩定上的作用，顯示中共加強控制社會組織的同時，增強了對社會組織的信心，希望並要求社會組織發揮其協助維護治安和社會穩定的目標。社會組織從維穩物件變身為維穩幫手！
今年4月中旬，中共中央辦公廳、國務院辦公廳印發了《關於加強社會治安防控體系建設的意見》，提出「將適合由社會組織承擔的矛盾糾紛調解、特殊人群服務管理、預防青少年違法犯罪等社會治安防控體系建設任務納入政府購買服務目錄，通過競爭性選擇等方式，交給相關社會組織承擔，發揮好他們在社會治安防控體系建設中的重要作用。」
但是，在社會組織中發展黨員和建立基層黨組織與上級黨委在社會組織中設立黨組來領導和監督非黨社會組織是完全不同的情況。
黨組是中共在國家機關和其他非黨組織的領導機關中設立的發揮黨的領導作用的機構。黨組一般是由上級黨組織批准設立、撤銷和變更，並對上級黨組織負責。黨組成員由該組織領導成員中的中共黨員組成，而黨組成員由批准它成立的黨組織決定和任命。
社會組織設立黨組後，無疑獲得了政治上的保障，可能伴隨經濟上的保障，但也失去或部分了社會組織的獨立性。社會組織設立黨組，黨組就成為中共和社會組織之間的紐帶，而設立黨組的社會組織也會成為黨和群眾的紐帶，但失去獨立精神的社會組織的活力和對群眾的吸引力會否出現變化，需要繼續考察。
＊作者為北京愛知行研究所成員，投入中國河南愛滋防治與公衛研究多年，四年前流亡美國，仍持續關心大陸人權議題。
