市府表示，台南市農會開發「商43」需依法捐贈土地和申請核發建照產生的疑義，已經最高行政法院的判決，又既係依捐贈比例核發建築執照，則因建築執照難以完全依捐贈比例分割，難免造成捐贈比例與發照比例互有出入之現象，本府核發建築執照未違反《行政程序法》及《建築法》；另申請建築執照的第三人跟市府和台南市農會並無公法上的法律關係。
已設立勞檢中心 3年來裁處3762件
另外，有關陳致曉指控勞工局不設勞檢處，有勞檢亦僅勸導、不開罰，導致台南產業不彰、低薪，市府澄清，市府已於2017年1月1日正式成立勞動檢查中心，執行台南市勞動條件檢查，同年9月1日經勞動部授權新營、官田、永康、安平、台南科、柳科、樹谷、永康科等八大工業區職安監督檢查，台南市政府勞工局勞動檢查中心為法定勞動檢查機構。
台南市府並端出數據表示，勞檢中心從2015年至2018年9月底總計進行勞動條件檢查15,987次，裁處3,762件，市府全力督促業者保障勞工權益，並無指控中不開罰的情形。
臉書取消投資 非因行政延宕
關於臉書數據中心未進駐，市府表示，Facebook屬資料處理業，並不是屬於樹谷園區容許引進行業別，且各容許引進行業別均有限制用水、電及污染物產出的環評總量限制，Facebook進駐需依規定辦理園區環評變更審議。況且市府也積極協助輔導Facebook洽原空地所有權人採先租後售方式來設廠，並無行政延宕問題，而是廠商基於環評變更不確定性太高，經評估後而停止投資構想。
針對陳致曉多項指控，台南市政府澄清絕無圖利建商，對於惡意抹黑、扭曲事實、穿鑿附會，土地開發遭到污名化，市府除了表示遺憾外，並強調標售開發區土地是為了積極落實都市計畫通盤檢討作業，促進土地利用最大化的效益，使都市環境逐年改善，不論是解編公共設施保留地、檢討工業區或增加開放空間，都使土地使用更加活化，使城市更為進步，往更正面的發展，為台南帶來再生的能量，提升城市競爭力。市府團隊推動城市發展立場始終不變，不怕外界檢驗，但也盼有心人士不要阻礙台南進步的腳步。
