自從七年前南鐵居民開始抗爭，賴清德一概否認「南鐵有東移」及南鐵東移案有任何「土地開發利益」，8日南市府亦再次發新聞稿表示「鐵路地下化工程絕無土地開發利益」。但事實證明，在關鍵的民國96年間，由民國84~96年幾乎不需徵收的的原軌土地地下化案[1][2]轉變為需大量徵收的東移案[3]時，南市府、鐵工局、經建會往返公文一再討論「土地開發利益與其分配」。
例如，肇始南鐵東移案的民國96年5月15日「台南市都市縫合計畫鐵路地下沿線都市規劃與設計案，第二次座談會會議實錄」中，南市府提出「考量(台糖土地)街廓完整性及財務考量，贊同南台南站鐵路東移方案，對第二期區段徵收之辦理較為可行。」鐵工局表示「可以套圖看看」，另以書面表示「站區開發方式、沿線都市計畫調整、土地使用回饋機制，請市府配合維護台鐵局權益」，如圖一。由此可見，嗣後南市府與鐵工局列舉的諸多南鐵東移工程理由根本全是謊言。
隨後，民國96年7月27日經建會都字第096000344號函即要求「評估土地更新後所生土地效益直接挹注工程開發，並分析民間參與可行性」，如圖二。
這些土地開發考量終於形成民國96年10月25日經建會都字第0960004851號函，指示交通部「研究其他路線之可行性」，如圖三。此函於日後成為鐵工局推行南鐵東移案的行政依據，並據此向自救會、都委會、法院推託「南鐵東移案非由鐵工局決定」的卸責之辭。該公文絕大部分重點在於「經費與土地開發利益」，僅有少部分提及縮短工期、減少施工期交通衝擊、古蹟保存、捷運路廊等工程理由。但是，若經比較原軌土地地下化案與南鐵東移案之計畫書，即可見「縮短工期、施工期交通衝擊、古蹟保存、捷運路廊」等工程理由全不存在，只是假藉之辭。
在民眾抗爭前，各政府機關將「以土地開發利益回饋軌道運輸建設」視為創舉，陸續有公文論及。包含民國98年6月19日主計處處忠三字第0980003789號函明示「鐵路地下化衍生開發效益之範圍包含鐵路廊帶、車站站區土地開發及特定專區之開發等」，如圖四。
民國98年7月1日財政部台財庫字第09803510790號函「釐清各機關之土地開發利益」並明示「倘將沿線及站場開發納入，估計開發價值為512億元，俟地下化完成後進行土地開發。」，如圖五。
民國98年8月19日經建會總字第098003918號文再次明示「為顧及本案周邊開發，以土地開發利益回饋軌道運輸建設…應將土地開發機制與軌道運輸建設整合一併推動。」、「土地開發利益應不影響台鐵權益」，如圖六。
