台電、原能會均宣稱，除了大南澳，金門、馬祖、烏坵等離島亦同為核廢料最終場址的候選地點，但長期關注此議題的鹽寮反核自救會總幹事楊木火則直言，除了大南澳，其他台電所指的離島候選場址都是陪榜，是用來蒙蔽大眾、讓外界誤以為大南澳未被內定為高階核廢料最終場址的障眼法。
實際上，從環保署、經濟部、原能會所做的相關環境調查報告顯示，金門、馬祖、烏坵等離島普遍存在地下水層海水入侵的鹽化問題，但台電規劃的高階核廢料最終處置將採取「多重障壁之深層地質處置方式」，楊木火認為，這3處離島地點的地下水鹽化問題嚴重，海水隨地下水侵入，勢必影響多重障礙核廢料處置所的穩定性，甚至加速處置場所的毀損，並不適合做為最終場址。
依據原能會提出的「地下水流與傳輸模擬技術之研究」報告顯示，金門地區平均1年抽水量為300萬噸，其補助來源為降雨，但該地區之蒸發量大於降雨量，所以一旦抽水量過大，將會導致金門地區有海水侵入之可能。
再從台電針對烏坵鄉小坵島所做的「小坵低放射性廢料最終處置場址開發計畫環境影響說明書」來看，小坵的水井地下水顯示已有鹽化現象；環保署「小坵低放射性廢料最終處置場址開發計畫環影響說明書」的審查結論也表示，「應詳細評估核種滲漏對海域生態之影響」。
另經濟部對馬祖的地下水資源調查結果，顯示「南竿地區地下水鹽化情形較為嚴重」，馬祖地區地下水含水層均為自由含水層，「水質普遍存在鹽化現象」。
