根據該《管理辦法》，屏東縣政府不僅針對地層下陷區之綠電設施申設，訂定相關審查門檻，還利用了內政部授權，訂定了地目變更的「回饋金」條款。
根據《管理辦法》，屏東縣政府要求地層下陷區綠電業者，實收資本額必須達2億元以上，且負債不得大於實收資本額4倍，申請籌設之發電裝置容量，至少應達20MW以上。換言之，如果以1公頃綠電設施裝置容量1MW計算，開發面積至少應達20公頃。
該辦法規定，綠電設施建置，若涉及到農業用地變更，依據《農發條例》規定，應繳交「回饋金」。除此之外，該辦法又同時授權屏東縣政府，得與綠電專案輔導業者訂定行政契約，業者依據契約承諾捐贈一定比率金額，至屏東縣「綠色能源產業發展基金」，額度由屏東縣政府定之。
由於屏東縣是第一個針對地層下陷區之地目變更，訂定回饋機制的縣市，上述做法也引發了南部縣市的討論。
台南縣政府官員表示，台南市境內地層下陷不利耕種區，總面積僅200多公頃，先前推動「綠能專區」，綠電業者提供給市府的「回饋金」，依據《農發條例》必須使用在農業用途，因此，台南市政府將上述財源，用在支應農地管理、農地變更業務的約聘僱人員薪水。
地方自訂回饋金 經濟部憂「一隻羊剝二層皮」
農委會企劃處處長蔡昇甫表示，屏東縣針對地層下陷區的綠電設施，訂定自治條例，並且以行政契約方式，由業者承諾捐贈一定比率金額予縣政府，應該是屬於「自願性質」，屏東縣另外成立綠電基金，應該屬於地方自治的範圍。
不過，經濟部官員認為，《電業法》針對公民營電廠回饋地方，有訂定「促協金」機制，在《電業法》修法後，能源局針對「促協金」，分配給中央政府、縣市、鄉鎮市與地方公民團體等利害關係人之比率，目前還在與各界協商階段，除非是依據《農發條例》所訂定的法定回饋，否則，各縣市政府未來若針對太陽能等綠電設施，逕行訂定「促協金」以外的回饋機制，恐怕會衍生「一隻羊，剝二層皮」的爭議。
