在納粹侵佔了奧地利兩天後，時任「國際精神分析學會」主席的瓊斯(Ernest Jones)，前往維也納要說服佛洛伊德，逃難離開奧地利到英國。但是過程並不順利，直到佛洛伊德的女兒安娜，被蓋世太保帶去約談後，佛洛伊德才改變心意，同意逃離他一生發展精神分析的維也納。
事情不是那麼順利，瓊斯透過當年英國內相Sir Samuel Hoare，提供佛洛伊德取得居留權，以及間接關係借由英國外相Lord Halifax，施壓納粹黨人，再加上住在法國的波拿帕公主(Princess Marie Bonaparte)，和美國駐法國大使William Bullitt（他也曾是佛洛伊德的個案）的協助，終於讓納粹願意放人。
佛洛伊德的兒女和孫子們，陸續在1938四至五月，先後離開維也納。
但是佛洛伊德本人的離開，並沒那麼簡單。佛洛伊德有一些稅要先結清，包括他多年收集的古董，和當時國際精神分析學會的一些財產等等，但是佛洛伊德的帳戶已被納粹凍結。佛洛伊德只好再度請他的學生，後來也是精神分析師的波拿帕公主出面幫忙處理財務，才獲得當時納粹官員簽署了佛洛伊德、他的太太瑪沙、和女兒安娜的離開許可。
佛洛伊德帶著他的家人，和不少隨身家當，以及一位醫師的陪同（當時，佛洛伊德的下顎癌，讓他接近日落西山了。），在1938年6月4日，搭東方特快車(Orient Express)，隔天先抵達巴黎，短暫停留接受波拿帕公主的招待，再搭夜車於6月6日抵達倫敦的維多利亞車站。
安頓在20 Maresfield Gardens, Hampstead, North London，目前是佛洛伊德博物館(Freud Museum)。當時，有不少當代重要創作者來拜訪他，如，名畫家達利(Salvador Dalí)、小說家褚威格(Stefan Zweig)、小說家維吉妮亞．吳爾夫(Virginia Woolf )、和她先生理奧納多．吳爾夫(Leonard Woolf)等。理奧納多．吳爾夫後來是Hogarth Press的出資者，出版了不少精神分析的書籍，也是後來佛洛伊德英文標準版精裝本的出版者。英國皇家學會(Royal Society)也派專人，送文件讓他簽署，佛洛伊德成為以科學知識為基礎的皇家學會的成員。
當年六月底，波拿帕公主再來倫敦，商量如何搭救佛洛伊德的四位妹妹和她們的家屬，但結果失敗了。後來，佛洛伊德的四位妹妹都被送進集中營，也死在集中營裡。
