九合一選舉落幕，當日發生不少投票狀況，中選會官方網站甚至遭到境外駭客攻擊，對此，中選會表示計票網路是封閉系統，無法由外界接取，並未影響到投票過程。不過台北市創下史上最長開票長達9小時的紀錄，是否與此有關，中選會則未正面回應。
此次九合一大選綁公投，創下最長投開票紀錄，除因公投案部分作業繁複，造成民眾大排長龍外，部分開票所甚至出現開票時，尚有民眾未完成投票的情形，引發爭議。中選會主委陳英鈐已為此請辭負責。
此外，中選會傳出遭到駭客攻擊的消息，對此，副主委陳朝建表示，投票日確實遭到境外大規模分散式阻斷服務（DD0oS）攻擊，企圖癱瘓中選會官網，負責網路維護的中華電信緊急處理後，阻斷來自國外的異常流量，一般民眾並無發現特殊異樣。
陳朝建說明，投票日當天的計票網路是獨立的封閉系統，並非公開網路，無法由外界接取，加上中華電信團隊24小時監控與防護，所幸開票過程沒有受到任何影響。
