行政院長毛治國18日下午召開臨時行政院會，率內閣進行總辭。由於總統當選人蔡英文不願接受提前組閣的提議，總統馬英九也決定暫不批准內閣總辭，毛治國在臨時院會上表示，將自即日起請假「靜候交接」，請假期間由行政院副院長張善政代理院長職務。
16日大選開票之際，在初步確定國民黨在總統及國會兩個戰場均慘敗之後，毛治國立刻宣布，已向馬英九提出總辭，絕不接受慰留。行政院也旋即在18日下午召開臨時院會，正式提出內閣總辭案。
然而由於對府院提出的由多數黨提前組閣建議，蔡英文不願接招，因此馬英九18日上午也公開表示，在蔡英文重新考慮之前，暫時不批准總辭，並且親赴毛治國寓所，傳達要求行政團隊正常運作的指示。
雖然拒見馬英九，但毛治國依原訂時間在行政院現身，主持臨時院會。毛治國在院會中表示，中華民國第14任正副總統及第9屆立法委員選舉，已經在上周末結束，新的民意已經產生；為尊重新的民意，並確保國家未來政務的順利推動，他已向總統請辭，並於18日率領內閣進行總辭。
毛治國回顧2014年底，他臨危受命接下閣揆，感謝絕大多數首長情義相挺，選擇繼續留任，也有新成員加入團隊；1年多來，行政團隊為國家的社會及經濟轉型，打下一定基礎，他要向行政團隊的付出表達感謝。
毛治國說，選舉是一時的，國家是永遠的；全體國人原本就是一家人，家人之間必需要相互理解與尊重，才能攜手向前。
除了感謝行政院團隊之外，毛治國表示，「我的比賽已經結束」，該打的仗也已經打完，他「心情坦然、充滿感恩」。他表示，自己擔任公職多年很少請假，現在該陪陪家人；即日起，他將請假靜候交接，請假期間由張善政代理院，未來自己將會投入社會公益工作。
