上次政黨輪替，陳水扁執政8年間，民進黨新系人馬是扁政府的重要執政團隊成員；如今，第3次政黨輪替，民進黨再次執政，新系人馬也再度成為小英團隊的核心成員，其中，高雄市長陳菊更是位列首席挺蔡要角，不僅在總統大選時，擔任蔡英文的競選總部主委；更在台南市長賴清德重回議會一事上，扮演關鍵遊說角色。民進黨地方執政的4個直轄市中，新系就掌握了3個，陳菊身為新系大姊大，影響力更是不容小覷，也因此被視為接下蔡英文黨主席一位的不二人選。
蔡營幕僚仍希望小英兼任黨主席
知情人士指出，目前黨內對於蔡英文是否以總統身分兼任黨主席一事，並無定論，蔡陣營幕僚多力主蔡英文應兼任黨主席，如此府院黨一手掌握，握有黨機器，以方便施政，貫徹意志，事實上，陳水扁當選總統初期，原本亦決定不兼任黨主席要當全民總統，但最後仍因需要由黨中央建構黨政協調平台，做為行政院和立法院協調處理法案和黨團溝通的媒介，最後陳水扁仍以總統兼任黨主席。如今，舊事重演，蔡英文個人對兼任黨主席一事意願不高，希望能專心處理政務，也因此能充分和她合作的黨主席人選格外重要，其中她尤其屬意陳菊代勞。
黨內人士說，蔡英文和陳菊合作默契佳，兩人互動、說話常直言不諱，2014年蔡英文決定回鍋參選黨主席，此一決定亦是蔡英文此次能順利當選總統的關鍵決定，因當年蔡英文決定參選黨主席，之後發生太陽花學運，社會力崛起，接著蘇貞昌宣布退選黨主席，蔡英文順利接掌黨機器，帶領民進黨贏得年底的九合一縣市長選舉，再一鼓作氣得以當選2016年總統。但當年蔡英文在宣布參選黨主席時，黨內反對聲浪不小，其中新系成員多力主蔡英文應專心準備2016年總統大選，應由蘇貞昌繼續擔任黨主席，其時，與蔡、蘇二人關係均極佳的陳菊，更是勸退蔡英文的主要成員，蔡英文亦在面對各方勸退下承受極大壓力。
陳菊曾出面勸退蔡英文選黨主席，最後轉為力挺
當時，陳菊基於愛護蔡英文的心情，力勸她不要回鍋任黨主席，以免在協調提名縣市長、立委過程中受傷，而由蘇貞昌繼續擔任黨主席，這也將是蘇貞昌的最後一役，由蘇貞昌在2016年全力輔選，並建議蔡英文參選台北市長，以戰養戰，之後再下一城選總統；面對陳菊，蔡英文亦罕見地坦率直言，如果她不選黨主席去選台北市長，她認為應可選上台北市長，則她就會市長職務上坐滿4年，蔡英文言下之意，依陳菊規劃的未來，她極可能不會參選2016年總統。
對於蔡英文的直言相告，陳菊當下明白，蔡英文已將2014年黨主席選舉視為2016年參選總統的前哨戰，蔡此時已斷無退選可能，也因此，陳菊亦不再相勸，一切尊重蔡英文參選黨主席意志，此次，更為力挺蔡英文總統大選開紅盤，選前在高雄衝刺破百萬選票，儘管黨內已評估選情，確定高雄9席立委全壘打，陳菊仍下達動員令，要求各選區立委候選人不可鬆懈、全力衝票，立委的得票高低將做為未來市政建設配合與否的指標，最後在陳菊率軍力拚下，雖然此次總統、立委選舉因投票率下降而未能破百萬票，但仍較4年前成長了7萬餘票，陳菊堪稱蔡英文最佳後盾。
