憲兵進入民宅強搜文件，引發社會公憤。馬英九總統8日上午出席活動時首度公開回應此事，強調會毋枉毋縱、深入調查、發現真相、加以處置。但馬英九也為國軍緩頰，希望社會想想國軍在救災時的表現，「不要一竿子打翻一船人」。
憲兵強搜民宅事件持續擴大，行政院長張善政7日舉行記者會，譴責憲兵行為失當，國防部並於8日提出首波懲處名單。馬英九8日出席婦女節活動時首度回應，表示此事「顯然有過當之處」。
馬英九表示，事件曝光以來，這兩天他與張善政密集通電話，7日開會之後決定毋枉毋縱、深入調查、發現真相、加以處置的處理原則，由張善政對外宣佈
馬英九說，大家都知道憲兵是非常優秀的軍種，他們也具有司法警察的身份，這是《刑事訴訟法》規定的，所以憲兵確實可以調查犯罪；但在這個案件中，憲兵進入民宅調查民眾，顯然有過當之處，所以政府要把真相調查清楚，有犯錯就要改錯，避免以後再犯錯。
另一方面，馬英九也呼籲民眾冷靜看待此一事情。他表示，確實有少數軍人犯錯，但也不要一竿子打翻一船人；有錯，就根據情節和比例原則，負起應該負的責任，認錯改錯，接受懲處。
馬英九話鋒一轉要民眾想想，每當有災難發生時，國軍都在第一時間無怨無悔、不眠不休地投入救災，因此希望大家也能從這個角度，不要一竿子打翻一船人。他強調，這件事政府會嚴肅面對，一定會對社會大眾做一個清楚的交待。
