謝系掌門人、前行政院長謝長廷已同意出任駐日代表，在謝赴日長駐後，未來謝系如何運作備受關注，謝系立委曾私下表示，目前代表謝系擔任中常委的高雄市選出立委管碧玲可望代謝處理派系運作事務。
素有民進黨「智多星」之稱的謝長廷早於大選前，就已預見選後新潮流系在國會、內閣及黨內影響力將大幅成長。黨內知情人士指出，謝長廷曾與謝系成員分析選後黨內權力中心中常會改組的各派系實力消長，新系因鄭文燦的桃園市長身分而具有當然中常委資格，新系有實力再成長一席中常委，反而是謝系僅擁有支持一席多的中常委實力，極可能在7月份的中常會改選時少了一席，因此謝系非尋求其他非新系合作不可，黨內新興勢力「正國會」成了謝長廷結盟的首選；據了解，「正國會」召集人林佳龍與謝長廷已多次會晤商談合作細節。
謝系中常委人選 管碧玲續任
謝長廷確定駐日後，曾就確定可以掌握一席中常委席次人選、私下與派系成員商談，傾向維持現狀，由謝系的現任中常委管碧玲繼續出任，並考慮在謝赴日後，由管碧玲暫代國內派系事務。
實際上，知情人士指出，總統大選後，蔡英文即透過管道向謝提出擔任駐日代表之議，原本謝長廷並無強烈意願接受此一職務，但蔡英文希望謝再多考慮一下，並訂以3月16日為謝考慮的最後期限，不過，就在謝長廷仍在多方考量時，《風傳媒》於3月13日獨家披露蔡英文屬意謝長廷擔任駐日代表的消息，蔡英文唯恐謝長廷駐日人事案出現變數，隨即透過蔡、謝2人均極為熟悉的民間企業家友人向謝遊說，力陳蔡英文委請謝長廷出任駐日代表，並不是要將謝「邊緣化」。
蔡英文澄清非「邊緣化」 謝點頭駐日
據了解，該名友人轉達蔡對謝長廷的肯定，強調請謝長廷駐日，除考量謝與日方長期的關係及知日背景外，更考慮未來台灣與美、日關係經營的重要，因此由謝長廷以前行政院長的高度出任駐日代表，更彰顯台灣新政府對日本的尊重，有助於修補馬政府8年與日方的淡漠關係；該名友人更語重心長地強調，蔡英文籌組新政府團隊不易，她亦想讓黨內各大老、天王們能適才適所、各安其位，若謝能本著一貫疼惜小英的心，以曾任行政院長的高度出任駐日代表，則蔡英文在規劃黨內其他大老、天王合適職務時，勢必更有空間和彈性，「也可以幫主席排除一些困難」。最後，這位民間企業主友人遊說成功，謝長廷決定再幫小英一次，3月16日與蔡英文碰面表態願意接受駐日代表一職。
