美國為了對北韓施加壓力，美韓於1993年將恢復聯合軍演，並以北韓作為假想敵，北韓宣布進入「准戰爭狀態」，並於3月12日致信聯合國安理會通報北韓退出《核武禁擴條約》（Treaty on the Non-Proliferation of Nuclear Weapons， NPT）。
不久，美國和法國的偵查衛星發現朝鮮平安北道寧邊郡的一些不明設施。為澄清事實，國際原子能機構要求對寧邊等兩處的設施進行開發檢查。但朝鮮以事關國家主權為由，拒絕接受檢查。為對朝鮮施加壓力，韓美在10月宣布將恢復1993年的聯合軍事演習。朝鮮對此針鋒相對，宣布凍結與韓國的《不擴散核武器條約》的對話，並取消原定於12月舉行的第九次南北總理會談。
1993年1月，朝鮮再一次拒絕國際原子能機構的檢查要求。3月，韓美舉行了以朝鮮為假象敵人的聯合軍事演習。平壤宣布進入「准戰爭狀態」，並於3月12日致信聯合國安理會和和不擴散條約國，通報朝鮮正式退出《不擴散核武器條約》。
1994年美國前總統卡特出訪平壤
為解決北韓核武危機，美國前總統卡特（Jimmy Carter）於1994年6月17日前往北韓首都平壤與北韓建國者金日成會面，卡特在平壤三天與金日成進行多次會談，最終促成美朝雙方恢復對話，並達成《朝美核框架協議》（DPRK-U.S. Nuclear Agreed Framework），並在1994年10月於日內瓦簽署，金日成則在與卡特會面3週後過世。據此協議，北韓暫停興建2座能用於生產核武燃料的反應器，換取美方提供石油及承諾興建2座能發電但不能製作核武燃料的輕水反應器。
1999年北韓宣布暫停飛彈試射，美朝關係回暖
北韓在1999年宣布暫停長程飛彈試射，美國也放寬對北韓的制裁。時任美國總統柯林頓（Bill Clinton）也在2000年派遣了當時的國務卿歐布萊特（Madeleine Albright）到北韓進行為期兩天的訪問與北韓領導人金正日會面。韓朝關係也開始明顯升溫。
2002年小布希將北韓列為「邪惡軸心國」，美朝關係惡化
2002年1月，美國前總統小布希（George W. Bush）在發表國情咨文時，將北韓、伊朗及伊拉克稱為「邪惡軸心」。當年10月，美國指控北韓進行秘密的濃縮鈾計畫，違反1994年的協議。北韓於2003年退出禁止核子擴散條約作為反制，2004年8月，北韓宣布他們不參與包含美國在內的新核子協議。
2003年六方會談
2003年美朝兩國又有意解決朝鮮半島核武問題，並在同年8月於北京，協同日本、中國、南韓和俄羅斯舉行「六方會談」。2005年2月，北韓首次明確表明擁有核武，六方會談各國發布聯合聲明，北韓原則同意放棄核武計畫，重新加入禁止核子擴散條約，並接受國際原子能總署（IAEA）檢驗，但維持其和平發展核能的權利。
