而清廷除了還在應對太平天國之外，這起民變還讓當時福建的白米價格大漲，造成當地惡性通膨，讓他們不得不加緊腳步要求林文察回台灣協助政府。最後，林文察與弟弟林文明兵分兩路夾殺這些反林勢力。
平定戴潮春事件之後，這些中台灣的地主家族支離破碎，留下的家產大多被當局充公，部分則以補償為由轉交給霧峰林家。霧峰林家也因為平亂有功，得到了福建省（包括台灣）的樟腦收購權，再加上官府的轉贈，以及打仗後的巧取豪奪，讓林家的勢力霎時提升。
然而他們的崛起，反而使這一帶的不同家族之間的勢力走向失衡，也讓官府對林家有猜忌。1864年林文察去世、1870年林文明遇害，皆讓林家手足無措，接踵而來的是面臨被滅族的陷阱，以及10多年的訴訟。至此，林家轉趨低調、較不涉足武力或政治，積極參與地方建設，打好與其他地方勢力及民眾的關係，漸漸重拾自己的人脈。
林朝棟協助清法戰爭，帶領林家重返榮耀
這段中落的歷史，後來又是如何起死回生的呢？原來靠的是林文察的兒子林朝棟。1884年爆發清法戰爭，法國希望能攻下基隆、占據台灣，以此封鎖中國東南沿海，增加談判的籌碼，也能獲取煤礦、供應戰艦的運轉，因此法國發動「西仔反戰役」，攻擊基隆、淡水、澎湖等地。
當時清朝在台灣的戰事屈居下風，劉銘傳遂找上林朝棟前往基隆助陣，成功守住了當地的防線，讓雙方打平，誰也動不了誰。之後兩軍持續對峙，直到隔年法軍撤離為止。林朝棟在此次戰役有功、表現不凡，深得劉銘傳青睞，讓他所帶領的軍營被納入清軍，逐漸擴大為「棟軍」。
開山撫番、平定施九緞事件，再次獲得樟腦經營權
因為在西仔反戰役中穩住局勢，林朝棟在台灣建省之後受到劉銘傳重用。他持續協助劉銘傳的「開墾撫番」、鎮壓原住民的業務，並同時獲朝廷賞賜、封為「勁勇巴圖魯」。另外，林朝棟還接掌了當時最重要的外銷品──樟腦的管理工作。而他所領導的棟軍，則一肩扛起台灣中部的治安及國防。
後來劉銘傳決定丈量全台土地，清查之前隱匿、未上報的開墾田地。但地方官員在清查彰化縣時手段失當，引起民眾不滿，漸漸集結為以施九緞為首的民間勢力，包圍縣城示威、演變為暴動，全縣陷入一片混亂。負責中台灣治安的棟軍自然是第一批前往處理的政府軍。
事件平定後，林朝棟建議從寬處裡，只追究帶頭者的責任、解散起事群眾。不大肆清算的處理方式，讓林朝棟在地方上博得一些美名，之後當地人還送給他「德同再造」的匾額。而劉銘傳也因他平亂有功、處置得體，上報朝廷敘獎，因此林朝棟受賞「黃馬褂（清朝官方服飾，只有皇帝近身的侍衛武士、或是皇帝特別賞賜才能穿著，是一種個人的榮耀）」，是清朝唯一以道員身分獲得黃馬褂的人，榮耀不言而喻。
