由於數十年的刻板印象，許多人都以為以為原住民都住在山上，但經過歷代長時間的遷徙，現在約有一半以上的原住民人口居住在6都，但奇妙的是，即便出生地與戶籍地在大都市，原住民的戶口名簿上依然會標記「平地」或「山地」原住民身份，為什麼要這樣分呢？這項「分類政策」最早約從清朝開始，並影響現今「平地」與「山地」原住民的身份類別，以下就來揭開歷代政權與原住民部落的關係。
清朝時期：土牛溝為界
18世紀清朝政府統治臺灣之後，以「理番政策」將原住民以順從政府程度分為「生番」與「熟番」。「生番」代表著尚未被政府納入管理的原住民，多半居住在山區，各部落擁有獨立自主的統治權，至於管理方式、如何產生首領，各部落則有各自的規定；「熟番」因居住於清朝重要城市周遭，而得容易進行清朝實施的「漢化政策」，其中包含「漢原通婚」與強制灌輸「漢語教學」。
約在1760年，清朝政府利用自然山川作為界定標準，並設置「土溝」將平地漢化程度較高的原住民與山地原住民做區隔，以防止動亂，然而，「土溝」的設置並不是固定的，隨著漢人的開墾，「土溝線」會時不時被移來移去，越移越裡面，因此影響到山區部落的生活，爆發過不少武裝衝突。
在1874年屏東原住民與日本爆發衝突的「牡丹社事件」後，當時的海防欽差大臣沈葆禎實施「開山撫番」，除了積極開墾台灣山部地區，也步步加速推動「生番」漢化作業，強壓之下的山區原住民因傳統文化與土地倍受侵略，也展開了積極的抵抗，造成不少悲劇。
日治時期：真正深入山區部落統治原住民
清朝的「理番政策」主要針對平地原住民，到了日治時期日本政府才開始大動作管理、統治山區部落。在1900前後日本政府對山區原住民進行武力鎮壓，如1902年因政府強制採集山區樟腦並利用鐵絲網將賽夏族部落圍堵，進而引發賽夏族人反抗造成多人死亡的「南莊事件」。接下來日本政府更訂定「五年理蕃計畫」，完全以「武力討伐山區原住民」為目標，大部分的部落都被征服納管。
在1916~1937年間，日本逐步展開對原住民的教育同化工作，設立「蕃童教育所」與「蕃人公學校」，推動日語普及與傳播農作技巧，同時，日本政府也開始為山區新建公共建設，包含衛生所、公共廁所與規劃墳墓。在此期間，日本政府的軟性同化政策看死對原住民族不再相對採激進，然而，在此期間日本政府對於原住民的管理更加高壓，禁止紋面刺青、屋內埋葬等傳統風俗，影響了原住民族的文化傳承。因為不滿日本人的種種欺侮剝削，1930年終於爆發了舉世震驚的「霧社事件」。
