自1960年代中期開始，東南亞研究隨著國際政治的變化而顛簸，甚至衝突。印尼、泰國、菲律賓等國家的民主化之路依舊崎嶇難行，而歷時二十年的越戰使得越南、寮國、柬埔寨持續遭受戰爭蹂躪。東南亞成為強權冷戰的犧牲品，而東南亞研究學者與反戰人士並肩發聲，譴責國家外交政策，使得大學以及國家政府開始對東南亞研究學者心生警惕。另一方面，對歐洲國家來說，殖民時期結束、二戰後國家重建、阻止共產勢力於歐陸擴張，都使得遙遠的東南亞毫無急迫了解的必要，因此東南亞研究於歐洲快速衰退。美國為了遏止共產主義蔓延東南亞，投入大量資源於太平洋另一端的越南，卻傷亡慘重；在國內抗議聲浪高漲之下，美軍於1973年撤出越南。1975年越共攻陷南越首都西貢，越南共產黨統一全國，柬埔寨及寮國也被共產勢力掌握，東南亞成為美國不願意回想的地區。
移轉：東南亞的東南亞研究
1967年的〈曼谷宣言〉開啟了東南亞歷史及政治的新頁：年輕的東南亞國家能不能聯合起來，抵抗外國勢力，參與國際對話？1971年，新加坡大學成立東南亞研究中心，開始出版高品質的東南亞研究專書。1973年，位於河內的越南社會科學研究院設立東南亞研究部門，聚焦於越南、寮國及柬埔寨。1975年，馬來西亞的馬來亞大學成立跨領域的東南亞研究所，是東南亞第一個在地招收學生的東南亞研究學程。
在區域組織逐漸成形的氛圍下，東南亞國家政府開始強化自身的外交政策，並且展開和鄰國的交流以及合作。於1976年首次的東協高峰會中，泰國、菲律賓、新加坡、馬來西亞及印尼五國代表同意攜手促進「東南亞的東南亞研究」。新加坡大學的東南亞研究所從1991年開始招生，為東南亞在地的東南亞研究注入一劑強心針。至2000年之後，泰國的朱拉隆功大學、法政大學等加入東南亞研究的招生行列，菲律賓、印尼亦開始設立相關的大學研究機構。當東南亞研究在歐洲逐漸淡出熱門領域之時，卻在東南亞本地持續成長，顯示出東南亞國家開始有能力在這個領域參與學術研究，省思自身於全球社會中的位置。
挑戰：全球化時代的東南亞研究
自1980年代開始，冷戰情勢逐漸緩和，東南亞國家漸漸有更高的政治穩定性和自主性，東協的會員國持續增加，再加上高速的經濟成長，歐美日澳的學者和機構重新燃起對東南亞的研究興趣，美國及澳洲有更多大學增設東南亞研究學程。除了探討東協的機制形成及經濟成長，後殖民思潮、非西方歷史等研究觀點也開始於東南亞研究生根。跟東南亞既有強烈歷史文化淵源，又在地緣政治上緊鄰東南亞的中國，亦開設多所東南亞研究機構，分布於北京大學、上海復旦大學、雲南大學、廈門大學、香港大學等地。
