而高千穗鐵道接手之後也非常努力的經營，除了維持當地住民的交通之外，主打鐵道與周邊的觀光資源，如溫泉、高千穗峽谷、宮崎牛與高千穗牛乳、神話與高千穗神社等，讓高千穗鐵道一直是相當熱門的地方鐵道。2003年開始，高千穗鐵道開行神樂號觀光小火車，並且與大型旅行社合作，讓鐵道搭乘人數逐年增加，也讓高千穗鐵道成為全國知名的觀光小鐵道。然而在2005年的9月，娜比颱風侵襲日本九州，並且帶來驚人的豪雨，高千穗鐵道不但沿線有許多鐵道設備遭到破壞，還有兩座鐵橋遭洪水沖毀，因而被迫停駛。之後雖然宮崎縣廳與沿線自治體，很想恢復鐵道的運行，但苦無經費，而中央的復舊經費補助也僅止於一般民間損害，在籌不出錢的狀況下，2008年黯然宣布廢止高千穗鐵道了。
不過地方並不放棄這條鐵道，當地熱心人士、地方觀光單位、民間企業等，集資在2006年成立「高千穗天照鐵道」，接手經營原本的高千穗鐵道營運，目前以保存的名義復始高千穗至高千穗鐵橋之間，大約三公里左右的路線。而當地最終的目標，是希望在未來能復駛至日之影溫泉，這段總長12.4公里的鐵道如能復駛，除了可以串起高千穗峽到日之影溫泉的觀光線之外，也能重新開行原本的鐵道巴士車輛，為了這一天的到來，高千穗天照鐵道目前仍妥善的維修高千穗町到鐵橋之間的軌道，並且開行觀光列車，除了帶領來到高千穗町觀光的旅客們，領略壯麗的風光之外，志工們也肩負著導覽解說，告訴旅客們沿線的景點與特色。
這一段三公里的小火車路線，高千穗天照鐵道並非使用目前苗栗縣政府所打算使用的軌道自行車，其最大原因就是因為會經過高千穗鐵橋，為了保護搭乘遊客的安全，所以高千穗天照鐵道購入機場所使用的航空貨櫃牽引車兩輛，改造為牽引車頭，並且自行打造客車一輛，組成三輛編成（M+T+M）的觀光小火車，這樣的做法不但保護遊客的安全，也由於路線陡坡很多，因此不讓遊客過於勞累甚至發生危險，可讓許多帶著小孩的家長，能安全的帶著小孩欣賞沿線風光。而且由於沿線會經過多個隧道，這組觀光小火車的兩端還設置了燈光藝術裝置，在列車行經隧道時，讓民眾不至於因為身處黑暗的空間而出現恐慌，也可增加行進間的樂趣。
回到台灣，舊山線同樣是具備相當多陡坡、隧道的路線，而且經過鯉魚潭橋與魚藤坪橋兩座高聳的鐵橋，沿線景觀並不輸給高千穗鐵道，可以名列世界級的鐵道觀光文化資產。更何況舊山線全線的路線標準維護得相當好，開行現有台鐵的列車並不成問題，然而過去苗栗縣政府包車開行觀光列車，都是以虧損作收，也因此才會將腦筋動到軌道自行車上，希望這樣的方式能夠替苗栗縣政府帶來觀光人潮與財源。但事實上，舊山線的先天條件並不適合使用軌道自行車，光是千分之26的陡坡，使用人力要將笨重的軌道自行車自力前進，就已是相當吃力了（對此苗栗縣政府表示，他們的軌道自行車附有動力可隨時切換，但切換時會不會發生意外，仍需要觀察），而兩座高聳的鐵橋也讓遊客有相當的安全風險，至於未來的保安與秩序維持，更是一大難題。
