具體地說，日本對基督教、傳教士和基督教徒的鎮壓，並不始於江戶時代。前文說到基督教如何在大航海時代開啟後逐漸在日本擴散，和織田信長的許可甚至是鼓勵有很大的關係。織田信長死後，豐臣秀吉掌控日本，但是九州一帶的大名不容易管轄，許多大名信奉基督教，還強使領地內的民眾改信基督教，著名的基督教大名大村純忠還把長崎的地盤供奉給羅馬教皇，讓耶穌會用作傳教基地。
豐臣秀吉覺得如果聽憑基督教勢力蔓延，日本傳統的根基會受到動搖，於是在1587年6月18日和19日連續發布兩道文書，主要內容是禁止傳教士傳教，並將他們驅逐出境，禁止大名信奉基督教。但對於武士和民眾的宗教信仰並不加以干涉，也允許葡萄牙和西班牙商人來日本從事貿易活動。
日本人禁止基督教徒入境的真相
嚴格來說， 這兩道文書不算是禁教令， 基督教在日本還可以合法存在。然而，1596年，有艘西班牙商船遭遇風暴，漂流到今四國南部的土佐地方，當地官吏對他們進行管制，其中有個人叫嚷說：西班牙軍隊總有一天會占領日本，那些傳教士都是我們的先遣部隊。
這話傳到豐臣秀吉的耳裡，他勃然大怒，發布了嚴厲的禁教令，並把在京都的聖方濟會6名傳教士、連同6名日本耶穌會傳教士抓了起來， 強行帶到長崎，1597年2月5日，將他們連同17個日本信徒一起處死，這26個人在1862年被羅馬教皇認定為聖人。
如此一來， 基督教勢力在日本大大受挫， 但處死傳教士的第二年， 豐臣秀吉就暴病死了。企圖奪取日本主導權的各派武將你爭我鬥，好像都無暇顧及基督教的事情，不過，德川家康1603年建立江戶幕府的前一年，曾向馬尼拉的西班牙總督發出文書，表示日本要禁止基督教傳播，但當時還沒有餘暇考慮基督教對自己的政權是否會造成負面影響的問題。江戶幕府確立後，在德川家康以及幕府高層看來，基督教傳播至少在兩點上對其政權構成威脅。
第一，對現有秩序構成威脅。此前，各地領主與家臣訂立主僕關係，或者是各領主建立同盟關係時，都要在寺院神社裡對諸佛或神靈訂立誓約，而在基督教傳入地區，上帝成了超越一切的唯一天主，與日本人原有的神佛信仰嚴重相抵觸。基督教的傳入導致日本人原有的信仰系統紊亂。
第二，各地領主如果以基督教精神為支柱來實行地區統治，就和江戶幕府中央集權的統治形成矛盾，領主信奉天主為最高的神，將會嚴重動搖江戶幕府的權威。
為進一步了解及掌握基督教傳播以及在民間的影響， 據說德川家康派出不少祕密偵探到各地暗中調查。獲得的報告是傳教士和教徒不斷在各地擴展勢力，以基督教教義鼓動民眾反抗江戶幕府，並打壓佛教和神道勢力，外國傳教士還設法從國外祕密運進武器等，幫助基督教大名謀反。這些情報有些是真的，有些難免有誇大其詞的部分，甚至根本是杜撰的。
