就在倆人練兵與農耕數年後。一場亂事打斷了秦良玉與馬千乘平淡卻勤奮的新婚生活，還關係到石砫當地的繼承權之爭，問題起於馬千乘的母親覃氏。這家族內鬥、土司世家的事件經過歷史上記述頗為混亂，我們很難知道全貌，我們能知道的是，覃氏並不甘只作為一名土司之妻，早在馬千乘與秦良玉成婚前，她就與播州土司楊應龍私通已久，她溺愛的小兒子馬千駟也娶了楊應龍之女。
在丈夫馬斗斛被貶官放逐，大兒子馬千乘因罪入獄時，覃氏趁勢奪取了土司之位，並計畫讓自己偏愛的小兒子繼承此位。之後覃氏或許是引進了楊應龍的勢力而得以奪權，並不得人心。當地爆發反亂，馬氏重新掌握了土司的位置，覃氏心有不甘之下，索性帶著小兒子馬千駟投奔播州土司楊應龍，而楊應龍與朝廷的嫌隙也逐漸加升，最終導致了FGO遊戲中也數次提到的大型叛亂事件—楊應龍之亂。
本文先前有提到石砫馬氏經營當地四百年，在當地是地位十分穩固的地頭蛇，而楊應龍的播州楊氏呢？他們早在唐朝年間就在盤據在播州，在當地經營了近八百個寒暑，不只是地頭蛇，楊應龍在播州當地就是名符其實的土皇帝。擁有實權，擁兵自重的楊應龍不願完全歸屬於明，而明帝國也視他為在背的芒刺，屢次嘗試削減楊應龍的實權，在數次小規模的衝突後，終於演變成朝廷與地方土司的全面性戰爭。
沙場上嶄露頭角，秦良玉平定楊應龍之亂
明帝國號招了二十萬大軍，浩浩蕩蕩的從四周八方包圍了播州，準備將盤據了八百年的播州楊氏連根拔起，在龐大的軍勢中，也包含了馬千乘與秦良玉的石砫軍。對馬千乘來講，這不只是奉命平亂，更是清理門戶的家門內鬥；對秦良玉來講，這則是她首次披掛上陣、領兵出征，那年她約莫25歲上下。
在這場浩大的平亂戰事中，秦良玉和石砫白桿兵嶄露了頭角。有一晚，官兵舉辦晚宴，全軍喝得爛醉如泥時，楊應龍的叛軍前來夜襲。但叛軍卻沒想到，一支好整以暇，士氣高昂的部隊等正著他們來自投簍網。秦良玉與馬千乘早已預料到叛軍會趁此刻前來偷襲，白桿兵並未懈怠，對前來夜襲的敵兵全力反擊。叛軍被白桿兵殺得四處奔逃，夫婦倆率兵連破了楊應龍勢力的七座營寨，還生擒了楊應龍之子楊朝棟，並在黎明前到攻至叛軍的屹口桑木關。過了許久後，官兵才灰撲撲的趕來加入。桑木關佔據天險之益，官兵久攻不下，秦良玉又帶著子弟兵繞後夾擊，才將桑木關攻下。
雖然秦良玉與馬千乘一路勢如破竹，但楊應龍的勢力實在太大，楊氏根基也過於穩固，官兵擁有絕對的數量與物資上的優勢，但仍然不時陷入苦戰與膠著中。當官兵攻入楊應龍的根據地海龍屯，楊應龍上吊自焚時，已過114天之久。
